1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
CTGCAATGTCTCCTATGCAGTTTGCAGGAACCCCTGGCACCAATATCCCAAAGAACGACATGAGAAATGTCATGGGTGGACAGGGTGGTAGAAAGAGAAAgtatgcacttcccttacaatcatccatatctcttatgaagttgtttgttttctttgcagtgatgttttgccttgcgagttgttttccgtctatgcaaaca...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os10g41450.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAGAACGACATGAGAAATGTCATGGGTGGACAGGGTGGTAGAAAGAGAAA GATGGGCTAGTGGAACTGTGGGACATGCTGGTCAACTTTAACAGACAGACAEST: gi|66924395|gb|CX111243.1|CX111243
genomic: AAGAACGACATGAGAAATGTCATGGGTGGACAGGGTGGTAGAAAGAGAAAgtatgcactt ... gtcactacagGATGGGCTAGTGGAACTGTGGAACATGCTGGTCAACTTTAACAGACAGACA
EST: AAGAACGACATGAGAAATGTCATGGGTGGACAGGGTGGTAGAAAGAGAAA GATGGGCTAGTGGAACTGTGGAACATGCTGGTCAACTT-AACAGACAGACAEST: gi|88550909|gb|CI480389.1|CI480389
genomic: AAGAACGACATGAGAAATGTCATGGGTGGACAGGGTGGTAGAAAGAGAAAgtatgcactt ... gtcactacagGATGGGCTAGTGGAACTGTGGAACATGCTGGTCAACTTTAACAGACAGACA
EST: AAGAACGACATGAGAAATGTCATGGGTGGACAGGGTGGTAGAAAGAGAAA GATGGGCTAGTGGAACTGTGGAACATGCTGGTCAACTTTAACAGACAGACAEST: gi|38475933|gb|CF960066.1|CF960066
genomic: AAGAACGACATGAGAAATGTCATGGGTGGACAGGGTGGTAGAAAGAGAAAgtatgcactt ... gtcactacagGATGGGCTAGTGGAACTGTGGAACATGCTGGTCAACTTTAACAGACAGACA
EST: AAGAACGACATGAGAAATGTCATGGGTGGACAGGGTGGTAGAAAGAGAAA GATGGGCTAGTGGAACTGTGGAACATGCTGGTCAACTTTAACAGACAGACAEST: gi|86873705|gb|CI341138.1|CI341138
genomic: AAGAACGACATGAGAAATGTCATGGGTGGACAGGGTGGTAGAAAGAGAAAgtatgcactt ... gtcactacagGATGGGCTAGTGGAACTGTGGAACATGCTGGTCAACTTTAACAGACAGACA
EST: AAGAACGACATGAGAAATGTCATGGGTGGACAGGGTGGTAGAAAGAGAAA GATGGGCTAGTGGAACTGTGGAACATGCTGGTCAACTTTAACAGACAGACAEST: gi|88559888|gb|CI490504.1|CI490504
genomic: AAGAACGACATGAGAAATGTCATGGGTGGACAGGGTGGTAGAAAGAGAAAgtatgcactt ... gtcactacagGATGGGCTAGTGGAACTGTGGAACATGCTGGTCAACTTTAACAGACAGACA
EST: AAGAACGACATGAGAAATGTCATGGGTGGACAGGGTGGTAGAAAGAGAAA GATGGGCTAGTGGAACTGTGGAACATGCTGGTCAACTTTAACAGACAGACAEST: gi|88543886|gb|CI473933.1|CI473933
genomic: AAGAACGACATGAGAAATGTCATGGGTGGACAGGGTGGTAGAAAGAGAAAgtatgcactt ... gtcactacagGATGGGCTAGTGGAACTGTGGAACATGCTGGTCAACTTTAACAGACAGACA
EST: AAGAACGACATGAGAAATGTCATGGGTGGACAGGGTGGTAGAAAGAGAAA GATGGGCTAGTGGAACTGTGGAACATGCTGGTCAACTTTAACAGACAGACAEST: gi|88538592|gb|CI467636.1|CI467636
genomic: AAGAACGACATGAGAAATGTCATGGGTGGACAGGGTGGTAGAAAGAGAAAgtatgcactt ... gtcactacagGATGGGCTAGTGGAACTGTGGAACATGCTGGTCAACTTTAACAGACAGACA
EST: AAGAACGACATGAGAAATGTCATGGGTGGACAGGGTGGTAGAAAGAGAAA GATGGGCTAGTGGAACTGTGGAACATGCTGGTCAACTTTAACAGACAGACA
genomic: AAGAACGACATGAGAAATGTCATGGGTGGACAGGGTGGTAGAAAGAGAAAgtatgcactt ... gtcactacagGATGGGCTAGTGGAACTGTGGAACATGCTGGTCAACTTTAACAGACAGACA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTGCAATGTCTCCTATGCAGTTTGCAGGAACCCCTGGCACCAATATCCCAAAGAACGACATGAGAAATGTCATGGGTGGACAGGGTGGTAGAAAGAGAAAgtatgcacttcccttacaatcatccatatctcttatgaagttgtttgttttctttgcagtgatgttttgccttgcgagttgttttccgtctatgcaaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA