1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
TGGTCTGAGTTTCATATCAACTATTCCTGAGGACAAAGCAGTGGACTTATATGTGCTTGAGAGAGCATTGATTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATGTGgtaaggaattgcataaatgatagtcccaaatgataactactttagtttgtttacttcactccttgattattacttaattgcattatggaatatggagtta...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os10g28640.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATGTG ATGGAGAAGATTCTCACGGCGTACAGAAAAGCTTCAAAGCAATGGTGCGCTEST: gi|88675818|gb|CI729390.1|CI729390
genomic: TTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATGTGgtaaggaatt ... gatgaactagATGGAGAAGATTCTCACGGCGTACAGAAAAGCTTCAAAGCAATGGTGCGCT
EST: TTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATGTG ATGGAGAAGATTCTCACGGCGTACAGAAAAGCTTCAAAGCAATGGTGCGCTEST: gi|88262561|gb|CI366335.1|CI366335
genomic: TTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATGTGgtaaggaatt ... gatgaactagATGGAGAAGATTCTCACGGCGTACAGAAAAGCTTCAAAGCAATGGTGCGCT
EST: ATTTGCTTGAGAGAGCATTGATTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATCTG ATGGAGAAGATTCTCACGGCGTACAGAAAAGCTTCAAAGCAATGGTGCGCTEST: gi|33663122|gb|CF294089.1|CF294089
genomic: ATGTGCTTGAGAGAGCATTGATTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATGTGgtaaggaatt ... gatgaactagATGGAGAAGATTCTCACGGCGTACAGAAAAGCTTCAAAGCAATGGTGCGCT
EST: ATGTGCTTGAGAGAGCATTGATTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATGTG ATGGAGAAGATTCTCACGGCGTACAGAAAAGCTTCAAAGCAATGGTGCGCTEST: gi|88905485|gb|CI712784.1|CI712784
genomic: ATGTGCTTGAGAGAGCATTGATTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATGTGgtaaggaatt ... gatgaactagATGGAGAAGATTCTCACGGCGTACAGAAAAGCTTCAAAGCAATGGTGCGCT
EST: TTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATGTG ATGGAGAAGATTCTCACGGCGTACAGAAAAGCTTCAAAGCAATGGTGCGCTEST: gi|86530471|gb|CI170677.1|CI170677
genomic: TTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATGTGgtaaggaatt ... gatgaactagATGGAGAAGATTCTCACGGCGTACAGAAAAGCTTCAAAGCAATGGTGCGCT
EST: ATGTGCTTGAGAGAGCATTGATTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATGTG ATGGAGAAGATTCTCACGGCGTACAGAAAAGCTTCAAAGCAATGGTGCGCTEST: gi|88980055|gb|CI026345.1|CI026345
genomic: ATGTGCTTGAGAGAGCATTGATTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATGTGgtaaggaatt ... gatgaactagATGGAGAAGATTCTCACGGCGTACAGAAAAGCTTCAAAGCAATGGTGCGCT
EST: ATGTGCTTGAGAGAGCATTGATTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATGTG ATGGAGAAGATTCTCACGGCGTACAGAAAAGCTTCAAAGCAATGGTGCGCTEST: gi|88272277|gb|CI386731.1|CI386731
genomic: ATGTGCTTGAGAGAGCATTGATTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATGTGgtaaggaatt ... gatgaactagATGGAGAAGATTCTCACGGCGTACAGAAAAGCTTCAAAGCAATGGTGCGCT
EST: ATGTGCTTGAGAGAGCATTGATTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATGTG ATGGAGAAGATTCTCACGGCGTACAGAAAAGCTTCAAAGCAATGGTGCGCTEST: gi|88675599|gb|CI729712.1|CI729712
genomic: ATGTGCTTGAGAGAGCATTGATTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATGTGgtaaggaatt ... gatgaactagATGGAGAAGATTCTCACGGCGTACAGAAAAGCTTCAAAGCAATGGTGCGCT
EST: TTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATGTG ATGGACAAGATTCTCACGGCGTACAGAAAAGCTTCAAAGCAATGGTGCGCTEST: gi|88833965|gb|CI077446.1|CI077446
genomic: TTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATGTGgtaaggaatt ... gatgaactagATGGAGAAGATTCTCACGGCGTACAGAAAAGCTTCAAAGCAATGGTGCGCT
EST: ATGTGCTTGAGAGAGCATTGATTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATGTG ATGGAGAAGATTCTCACGGCGTACAGAAAAGCTTCAAAGCAATGGTGCGCT
genomic: ATGTGCTTGAGAGAGCATTGATTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATGTGgtaaggaatt ... gatgaactagATGGAGAAGATTCTCACGGCGTACAGAAAAGCTTCAAAGCAATGGTGCGCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGGTCTGAGTTTCATATCAACTATTCCTGAGGACAAAGCAGTGGACTTATATGTGCTTGAGAGAGCATTGATTTCTATGCATTCATCATGTGGTGATGTGgtaaggaattgcataaatgatagtcccaaatgataactactttagtttgtttacttcactccttgattattacttaattgcattatggaatatggagtta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA