1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
AGCGGCTGTACCTCCACCCGCTTCTAATAATAAAGCACCAGCCACCCAACCTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATGgtatattttccatcctctctttagttgttattctcattagagatcatttggtatatatgttacattactagatatgagtttgagggttatctcaaatatttgttgacttgtgtag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os09g38790.2 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATG GAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTACCEST: gi|29680885|gb|CB677160.1|CB677160
genomic: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATGgtatattttc ... acttgtgtagGAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTAGC
EST: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATG GAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTAGCEST: gi|38475380|gb|CF959513.1|CF959513
genomic: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATGgtatattttc ... acttgtgtagGAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTAGC
EST: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATG GAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCCATGATGAAACTAGEST: gi|88588125|gb|CI705920.1|CI705920
genomic: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATGgtatattttc ... acttgtgtagGAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGC-ATGATGAAACTAG
EST: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATG GAGGAAAGAACATTGTCGCTACCCACCTATCAGGTGCATGATGAAACTAGCEST: gi|88436645|gb|CI691377.1|CI691377
genomic: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATGgtatattttc ... acttgtgtagGAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTAGC
EST: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAACCAATGTCAATG GAGGAAAGAAGATNGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAEST: gi|25797175|gb|CA753136.1|CA753136
genomic: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATGgtatattttc ... acttgtgtagGAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAA
EST: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATG GGAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCCAGGTATCAGGTGCATGATGANACTAEST: gi|95100848|gb|CI692566.1|CI692566
genomic: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATGgtatattttc ... acttgtgtagG-AGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAG-TATCAGGTGCATGATGAAACTA
EST: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATG GAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTACCEST: gi|33679167|gb|CF307406.1|CF307406
genomic: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATGgtatattttc ... acttgtgtagGAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTAGC
EST: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATG GAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTAGCEST: gi|88584106|gb|CI701634.1|CI701634
genomic: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATGgtatattttc ... acttgtgtagGAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTAGC
EST: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATG GAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTAEST: gi|88586844|gb|CI704565.1|CI704565
genomic: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATGgtatattttc ... acttgtgtagGAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTA
EST: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATG GAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTACCEST: gi|95101217|gb|CI692956.1|CI692956
genomic: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATGgtatattttc ... acttgtgtagGAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTAGC
EST: CTGCTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAACCAATGTCAATG GAGGAAAGAAGATCGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTAGCEST: gi|29624560|gb|CB629571.1|CB629571
genomic: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATGgtatattttc ... acttgtgtagGAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTAGC
EST: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATG GAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTAGCEST: gi|88386761|gb|CI682916.1|CI682916
genomic: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATGgtatattttc ... acttgtgtagGAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTAGC
EST: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATG GAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTACCEST: gi|88584300|gb|CI701845.1|CI701845
genomic: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATGgtatattttc ... acttgtgtagGAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTAGC
EST: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATG GAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTAGEST: gi|88590829|gb|CI707721.1|CI707721
genomic: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATGgtatattttc ... acttgtgtagGAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCC-AAGTATCAGGTGCATGATGAAACTAG
EST: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATG GAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTAGCEST: gi|29680924|gb|CB677199.1|CB677199
genomic: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATGgtatattttc ... acttgtgtagGAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTAGC
EST: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATG GAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTAGC
genomic: CTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATGgtatattttc ... acttgtgtagGAGGAAAGAAGATTGTCGCTACCCAAGTATCAGGTGCATGATGAAACTAGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGCGGCTGTACCTCCACCCGCTTCTAATAATAAAGCACCAGCCACCCAACCTGGTGCAAATGAAGTCTATCTGGTGTGGGATGATGAAGCAATGTCAATGgtatattttccatcctctctttagttgttattctcattagagatcatttggtatatatgttacattactagatatgagtttgagggttatctcaaatatttgttgacttgtgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA