Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATCAGGGCATTCTGGGCATGTGCGTTGGCGAGAAGAGGAAGCTGAAGATCCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgttttgtagttcttgtctcttgagtttatgccgctgtcaagttagaatggtacatccttttcaagagaagttgtgtataataaaaatagttta...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g32526.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g32526.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G115757_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
GATCAGGGCATTCTGGGCATGTGCGTTGGCGAGAAGAGGAAGCTGAAGATCCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgttt-tgtagttcttgtctcttgagtttatgccgctgtcaagttagaatggt-acatccttttcaagagaagttgtgtataataaaaatagttta
||||||||  | ||||| ||||||||||| || ||| ||||| |||||||||| |||||||| || |||||  ||||||| || || || || || ||||||||||  ||| | ||  | || |    |  || | |   ||  |  ||||   || || ||||     | |    ||    | | | |    |||  |   
GATCAGGGTCTCCTGGGAATGTGCGTTGGTGAAAAGCGGAAGTTGAAGATCCCATCAAAGCTTGGCTATGGGCCTCAAGGCTCGCCACCTACTATTCCTGgtatgttttttatatatattttctgctctttgtcttttgagc-atacagttgcgatagtcacatttggattattcaaaacactctgtgagggtaatcatca-

upper sequence: LOC_Os09g32526.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: EFJ27172 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 4
GATCAGGGCATTCTGGGCATGTGCGTTGGCGAGAAGAGGAAGCTGAAGATCCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgttttgtagttcttgtctcttgagtttatgccgctgtcaagttagaatggtacatccttttcaagagaagttgtgtataataaaaatagttta
||||| ||  |||| || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| | ||||||   ||| || |  || || ||||   |   ||||  |||   |||||||  |||     | | | | || | | |  | |||  | ||||                              
GATCAAGGGCTTCTAGGAATGTGCGTCGGCGAGAAGAGAAAGCTTAAGATCCCCTCCAAGCTCGGTTATGGGGATCAAGGACAACCACCAAAGATTCCAGgtaaaactccttgtt-ttccactctcttg--ttttctttgttctgatgtaaaacttctgcata-tgttcag-----------------------------

upper sequence: LOC_Os09g32526.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: EFJ33487 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 4
GATCAGGGCATTCTGGGCATGTGCGTTGGCGAGAAGAGGAAGCTGAAGATCCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgttttgtagttcttgtctcttgagtttatgccgctgtcaagttagaatggtacatccttttcaagagaagttgtgtataataaaaatagttta
||||| ||  |||| || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| | ||||||   ||| || |  || || ||||   |   |||   |||   ||||||   |||     | | | | || | | |  | |||  | ||||                              
GATCAAGGGCTTCTAGGAATGTGCGTCGGCGAGAAGAGAAAGCTTAAGATCCCCTCCAAGCTCGGTTATGGGGATCAAGGACAACCACCAAAGATTCCAGgtaaaactccttg-gtttccactctcttt--ttttctttgttctgatgtaaaacttctgcata-tgttcag-----------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|55432912|gb|CV729479.1|CV729479
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|88515169|gb|CI442823.1|CI442823
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|33687579|gb|CF315818.1|CF315818
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|66928292|gb|CX115140.1|CX115140
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|218484090|gb|FG956007.1|FG956007
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|163927898|gb|EG713510.1|EG713510
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|58678099|gb|CK066786.1|CK066786
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|88375448|gb|CI681220.1|CI681220
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGNCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCG
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCG
EST: gi|58676104|gb|CK064791.1|CK064791
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|86509969|gb|CI152602.1|CI152602
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|38480031|gb|CF964120.1|CF964120
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|33686364|gb|CF314603.1|CF314603
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGGTACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|89168554|gb|CI038908.1|CI038908
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|218491364|gb|FG953091.1|FG953091
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|163920086|gb|EG709856.1|EG709856
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
EST: gi|2799478|gb|AA752467.1|AA752467
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGT
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGT
EST: gi|88576196|gb|CI670341.1|CI670341
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCCCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGAATCTCATTTTCGATACCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGC
EST: gi|10794952|gb|AU108918.1|AU108918
EST:     CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTG                         GTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC
genomic: CCCTTCAAAGCTCGGTTATGGTGCTCAAGGGTCACCGCCGACCATCCCTGgtatgtcgtt ... cggcctgcagGTGGAGCGACTCTCATTTTCGATACCGAGCTTGTTGCTGTCAATGGCGAGC