Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGTGGAATCCTCTTGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtcttctcttagaatatcattagtgaaatcaacttagtgcattgcaattccctgttatttacccctacatactcttgatctatcaaatgcaaaa...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g26880.4
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g26880.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G130440_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
GTGTGGAATCCTCTTGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtcttctcttagaatatcattagtgaaatcaacttagtgcatt-gcaattccctgttatttacccctacatactcttgatctatcaaatgcaaaa
||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |||        | |||  || ||| | |  | ||   | ||| | | | || |   | |   |   |   |       ||| |  | |    | 
GTGTGGAATCCCCTTGGAGTTGTGGGTGTTATAACGGCATTTAATTTCCCTTGTGCTGTGCTTGgtaagtctctgacagctca-tatgtttggtgcattacatttctagaatttgtattgccataaaagtctacataatgcatcagctctctctttactttgcat

upper sequence: LOC_Os09g26880.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT1G54100.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 7
GTGTGGAATCCTCTTGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagt-----gtcttctcttagaatatcattagtgaaatcaacttagtgcattgcaattccctgttatttacccctacatactcttgatctatcaaatgcaaaa
 ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || || |||||||     ||||  | | | |   | || ||||      ||  |   ||| | ||     |   | | |   || | |    ||| ||  | || |      
ATGTGGAATCCTCTTGGCATTGTTGGTGTTATCACAGCGTTTAATTTTCCCTGTGCAGTTCTTGgtaagtcttctgtctaatttcaaatctttatgagtgcgtc--acacaaaacatagaaacaatataacactgatgtct-cgtgagattgctcattaaagtctgt--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29668604|gb|CB664879.1|CB664879
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29670252|gb|CB666527.1|CB666527
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|59930115|gb|AB178657.1|AB178657
EST:     TGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29673829|gb|CB670104.1|CB670104
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29670274|gb|CB666549.1|CB666549
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29668613|gb|CB664888.1|CB664888
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|59930145|gb|AB178687.1|AB178687
EST:     TGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29668647|gb|CB664922.1|CB664922
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|29668563|gb|CB664838.1|CB664838
EST:     TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGGAGTTGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
EST: gi|59930143|gb|AB178685.1|AB178685
EST:     TGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGG                         GTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG
genomic: TGTTGGTGTTATCACAGCATTCAATTTTCCTTGTGCTGTGCTGGgtaagtgtct ... catattttagGTTGGAATGCCTGCATAGCTTTGGTATGTGGAAACTGTGTTGTCTG