Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTCTTCTGCCCTGCGCTGGCGAAAGCTGTCAAAACCATGAAAAAAGCAGAGAAAGTGCTCCTTACAGTTAAGCCACAATgtaagcttctttggtttcacaccttttccatggttttccatctcttccttcgagttgattgaaaagatttaaaactttgtaatggcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g41390.2
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g41390.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G096585_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 5
GTTTCTTCTGCCCTGCGCTGGCGAAAGCTGTCAAAACCATGAAAAAAGCAGAGAAAGTGCTCCTTACAGTTAAGCCACAATgtaagcttcttt-----ggtttcacaccttttccatggttttccatctcttccttcgagttgattgaaaagatttaaaactttgtaatggcag------
| | ||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| || |||  |      |||| |    | |||  | |||     ||| ||   ||    | ||   |   |||| || |||  | |   ||       
GCTACTTTTGTCCTGCCCTGGCCAAAGCTGTCAAAACCATGAAAAAGGCAGAGAAGGTGCTCCTTACAGTAAAGCCACAATGTGAGATTCCATTTCAAAgtttgattattcttctgtagttacatgtctattttctctgaattatgacacttatttgaa-cttcctcacttcaaatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|454468|gb|D28191.1|D28191
EST:     GTGCTCCTTACAGTTAAGCCACAAT                         ATGGATTTGGTGAGAATGGTAGACCAGCAGCTGGTGAGGAAGGTGCTGTGC
genomic: GTGCTCCTTACAGTTAAGCCACAATgtaagcttct ... gtaatggcagATGGATTTGGTGAGAATGGTAGACCAGCAGCTGGTGAGGAAGGTGCTGTGC
EST: gi|58656111|gb|CK044791.1|CK044791
EST:     CAAAACCATGAAAAAAGCAGAGAAAGTGCTCCTTACAGTTAAGCCACAAT                         ATGGATTTGGTGAGAATGGTAGACCAGCAGCTGGTGAGGAAGGTGCTGTGC
genomic: CAAAACCATGAAAAAAGCAGAGAAAGTGCTCCTTACAGTTAAGCCACAATgtaagcttct ... gtaatggcagATGGATTTGGTGAGAATGGTAGACCAGCAGCTGGTGAGGAAGGTGCTGTGC
EST: gi|58677816|gb|CK066503.1|CK066503
EST:     CAAAACCATGAAAAAAGCAGAGAAAGTGCTCCTTACAGTTAAGCCACAAT                         ATGGATTTGGTGAGAATGGTAGACCAGCAGCTGGTGAGGAAGGTGCTGTGC
genomic: CAAAACCATGAAAAAAGCAGAGAAAGTGCTCCTTACAGTTAAGCCACAATgtaagcttct ... gtaatggcagATGGATTTGGTGAGAATGGTAGACCAGCAGCTGGTGAGGAAGGTGCTGTGC
EST: gi|4880950|gb|AU065249.1|AU065249
EST:     AAAACCATGAAAAAAGCAGAGAAAAGTGCTCCTTACAGTTAAGCCACAAT                         ATGGATTTGGTGAGAATGGTAGACCAGCAGCTGGT
genomic: AAAACCATGAAAAAAGCAGAGAAA-GTGCTCCTTACAGTTAAGCCACAATgtaagcttct ... gtaatggcagATGGATTTGGTGAGAATGGTAGACCAGCAGCTGGT
EST: gi|29630489|gb|CB635498.1|CB635498
EST:     CAAAACCATGAAAAAAGCAGAGAAAGTGCTCCTTACAGTTAAGCCACAAT                         ATGGATTTGGTGAGAATGGTAGACCAGCAGCTGGTGAGGAAGGTGCTGTGC
genomic: CAAAACCATGAAAAAAGCAGAGAAAGTGCTCCTTACAGTTAAGCCACAATgtaagcttct ... gtaatggcagATGGATTTGGTGAGAATGGTAGACCAGCAGCTGGTGAGGAAGGTGCTGTGC
EST: gi|58682283|gb|CK070970.1|CK070970
EST:     CAAAACCATGAAAAAAGCAGAGAAAGTGCTCCTTACAGTTAAGCCACAAT                         ATGGATTTGGTGAGAATGGTAGACCAGCAGCTGGTGAGGAAGGTGCTGTGC
genomic: CAAAACCATGAAAAAAGCAGAGAAAGTGCTCCTTACAGTTAAGCCACAATgtaagcttct ... gtaatggcagATGGATTTGGTGAGAATGGTAGACCAGCAGCTGGTGAGGAAGGTGCTGTGC
EST: gi|29628610|gb|CB633621.1|CB633621
EST:     CAAAACCATGAAAAAAGCAGAGAAAGTGCTCCTTACAGTTAAGCCACAAT                         ATGGATTTGGTGAGAATGGTAGACCAGCAGCTGGTGAGGAAGGTGCTGTGC
genomic: CAAAACCATGAAAAAAGCAGAGAAAGTGCTCCTTACAGTTAAGCCACAATgtaagcttct ... gtaatggcagATGGATTTGGTGAGAATGGTAGACCAGCAGCTGGTGAGGAAGGTGCTGTGC