1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
TCTTTAAAACGGAACCACATGCATGTGATCCATCAAGTTTACCCCAATACCCCCCAAGCAAAGAGATGGATGCAAAACGAAGAGACGAAGAAGCCAGACGgtttgtctccctactaccctgcctttccattcctttagaaagttgtgttgtttcagaatatttgcttttgcatcgtctttctgagttctctgtaatttca...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os07g47180.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCCCCAAGCAAAGAGATGGATGCAAAACGAAGAGACGAAGAAGCCAGACG TTTAAGAGCTGCTGGTGGTAGAGTTAATGGGGAAGGAGCTAGGAAGACAAG
genomic: CCCCCAAGCAAAGAGATGGATGCAAAACGAAGAGACGAAGAAGCCAGACGgtttgtctcc ... tgatcaacagTTTAAGAGCTGCTGGTGGTAGAGTTAATGGGGAAGGAGCTAGGAAGACAAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TCTTTAAAACGGAACCACATGCATGTGATCCATCAAGTTTACCCCAATACCCCCCAAGCAAAGAGATGGATGCAAAACGAAGAGACGAAGAAGCCAGACGgtttgtctccctactaccctgcctttccattcctttagaaagttgtgttgtttcagaatatttgcttttgcatcgtctttctgagttctctgtaatttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC