Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCCAGGGCTATGGGGAAATGAAGgtacacagtccaatgaaaattacccatataaccatttttatgaattattagatagttccttctagcatgacaaaaacttcaacattctgacatcgttgagcattattcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g04990.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|38478740|gb|CF962873.1|CF962873
EST:     TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAG                         GGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
genomic: TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAGgtacacagtc ... cattattcagGGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
EST: gi|88368695|gb|CI675516.1|CI675516
EST:     TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAG                         GGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
genomic: TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAGgtacacagtc ... cattattcagGGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
EST: gi|313083769|gb|HO213899.1|HO213899
EST:     TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAG                         GGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
genomic: TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAGgtacacagtc ... cattattcagGGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
EST: gi|95101321|gb|CI693066.1|CI693066
EST:     TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAG                         GGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
genomic: TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAGgtacacagtc ... cattattcagGGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
EST: gi|58586534|gb|CF984842.1|CF984842
EST:     TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAG                         GGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
genomic: TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAGgtacacagtc ... cattattcagGGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
EST: gi|58605103|gb|CK033136.1|CK033136
EST:     TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAG                         GGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
genomic: TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAGgtacacagtc ... cattattcagGGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
EST: gi|58592358|gb|CF990666.1|CF990666
EST:     TGGCCANGGCTATGGGGAAATGAAG                         GGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
genomic: TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAGgtacacagtc ... cattattcagGGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
EST: gi|29686352|gb|CB682627.1|CB682627
EST:     ATTGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAG                         GGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
genomic: ATTGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAGgtacacagtc ... cattattcagGGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
EST: gi|29684749|gb|CB681024.1|CB681024
EST:     TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAG                         GGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
genomic: TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAGgtacacagtc ... cattattcagGGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
EST: gi|313080415|gb|HO213423.1|HO213423
EST:     TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAG                         GGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
genomic: TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAGgtacacagtc ... cattattcagGGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
EST: gi|29685611|gb|CB681886.1|CB681886
EST:     TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAG                         GGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
genomic: TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAGgtacacagtc ... cattattcagGGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
EST: gi|29685612|gb|CB681887.1|CB681887
EST:     TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAG                         GGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
genomic: TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAGgtacacagtc ... cattattcagGGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
EST: gi|38483088|gb|CF966890.1|CF966890
EST:     TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAG                         GGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
genomic: TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAGgtacacagtc ... cattattcagGGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
EST: gi|58589665|gb|CF987973.1|CF987973
EST:     TGGCCANGGCTATGGGGAAATGAAG                         GGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
genomic: TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAGgtacacagtc ... cattattcagGGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
EST: gi|38480259|gb|CF964348.1|CF964348
EST:     TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAG                         GGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG
genomic: TGGCCAGGGCTATGGGGAAATGAAGgtacacagtc ... cattattcagGGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 23 (upstream exon), 72 (downstream exon)
Score: 45

GCCAGGGCTATGGGGAAATGAAGgtacacagtc ... cattattcagGGTATCTTGATGGACTTGCAGATGCCTATGAGCAAGGCCTTGTAAAGGCTGTTGGAGTCTCAAACTACAATG




<











<


<