Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatgcatcaagtatttgtattatcatggcagagtgaattgtagccttgtagggctgatccgttgatgattcttgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g37440.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58693057|gb|CK081744.1|CK081744
EST:     CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
genomic: CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
EST: gi|88300178|gb|CI582412.1|CI582412
EST:     CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCACATTGAACAATGGATGGACT
genomic: CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGATGGACT
EST: gi|58692670|gb|CK081357.1|CK081357
EST:     CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
genomic: CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
EST: gi|88393909|gb|CI684174.1|CI684174
EST:     CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCACATTGAACAATGGATGGACTT
genomic: CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGATGGACTT
EST: gi|29642157|gb|CB647164.1|CB647164
EST:     CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
genomic: CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
EST: gi|88299640|gb|CI574753.1|CI574753
EST:     CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCACATTGAACAATGGATGGACTTC
genomic: CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGATGGACTTC
EST: gi|33797048|gb|CF324390.1|CF324390
EST:     CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAG
genomic: CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAG
EST: gi|66917477|gb|CX104325.1|CX104325
EST:     CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGAGGCTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
genomic: CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
EST: gi|88340432|gb|CI659638.1|CI659638
EST:     CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTC
genomic: CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTC
EST: gi|88325683|gb|CI648126.1|CI648126
EST:     CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCACATTGAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAAC
EST: gi|88392537|gb|CI625359.1|CI625359
EST:     TCGCCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCAAATTGAACAATGGATGGCCTTCTCAGCAA
genomic: TCGC-TTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAA
EST: gi|88402181|gb|CI615024.1|CI615024
EST:     TCGCCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCAAATTGAAC
genomic: TCGC-TTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAAC
EST: gi|218502040|gb|FG964259.1|FG964259
EST:     CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
genomic: CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
EST: gi|58677886|gb|CK066573.1|CK066573
EST:     CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
genomic: CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
EST: gi|88403316|gb|CI573039.1|CI573039
EST:     CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCACATTGAACAATGGA
genomic: CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGA
EST: gi|58589520|gb|CF987828.1|CF987828
EST:     CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCGAT
genomic: CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
EST: gi|88421445|gb|CI618569.1|CI618569
EST:     CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
genomic: CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
EST: gi|33796831|gb|CF324280.1|CF324280
EST:     CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
genomic: CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
EST: gi|88432577|gb|CI567616.1|CI567616
EST:     CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCAAATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCA-T
genomic: CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
EST: gi|33658387|gb|CF281000.1|CF281000
EST:     CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
genomic: CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
EST: gi|218485368|gb|FG956297.1|FG956297
EST:     CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
genomic: CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
EST: gi|33794630|gb|CF323201.1|CF323201
EST:     CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
genomic: CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
EST: gi|58682402|gb|CK071089.1|CK071089
EST:     CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT                         TCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT
genomic: CTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 61 (upstream exon), 72 (downstream exon)
Score: 78

TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatg ... attcttgcagTCTCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAATATTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTATgtgagtgatgcatcaagtatttgtattatcatggcagagtgaattgtagccttgtagggctgatccgttgatgattcttgcag

- - - - TTGAAG
- - - - - - - - -  CAGCTC