Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTGCTTGATGGTATTGTGCAGCTGACCGAAAAGGATGAATGTGCATACCAGGAAATGGTTACTCACCTTCCACTGTGCTCGATTCCATCCCCCAAAAGTgtatgtttcttatctttgccataccatatgtttgcaaacctgaaaataatgaaagattttgcaatgcaaaatgtttgttagattattccagtactatgtt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g33710.2
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g33710.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G047867_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
GGTGCTTGATGGTATTGTGCAGCTGACCGAAAAGGATGAATGTGCATACCAGGAAATGGTTACTCACCTTCCACTGTGCTCGATTCCATCCCCCAAAAGTgtatgtttcttatctttgccataccatatgtttgcaaacctgaaaataatgaaagattttgcaatgcaaaatgtttgttagattattccagtactatgtt---------------------------------------------------------------
 |||||||||||||| || ||| |||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | || || | ||||||||||||  | ||  | |  |  ||    |  ||   |    || |     |     |||    || ||   | |   || | ||     || ||                                                                
TGTGCTTGATGGTATAGTTCAGTTGACTGACAAGGATGAATGCGCATACCAGGAAATGGTTACTCACCTTCCACTGTGCTCAATTCCTGCACCGAAGAATgtatgtttcttgaccttttcttttctgataacagtgaaatggctgctactttgctaccgaacaaattgaattgaaggat--gttctccccaccttacgtcttctaatgagtagtaactttatgggcagttagccttatgatataagcctactgactgatgcag

upper sequence: LOC_Os06g33710.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT5G53120.4 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
GGTGCTTGATGGTATTGTGCAGCTGACCGAAAAGGATGAATGTGCATACCAGGAAATGGTTACTCACCTTCCACTGTGCTCGATTCCATCCCCCAAAAGTgtatgtttcttatctttgccataccatatgtttgcaaacctgaaaataatgaaagattttgcaatgcaa-aatgtttgttagattattccagtactatgtt-
 || || |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| |  | || || ||  | ||||| ||  | ||||| |||| ||||  ||||| | |||    |    |  | | |          | ||  || |   | |||||||  |  | |   | | | | |||        | || | 
TGTTCTAGATGGTATCGTACAGCTGACCGAAAAAGATGAATGTGCATATCAGGAGATGATAGCCCATCTGCCTTTATGCTCTATATCTTCCCCTAAAAATgta-atttctcaccttaaaaagttta-gtctctctggtttcctatatcttgtagcctgttgcaataaatcagtcaatctaaaagtatgttcaatttgtgatg

upper sequence: LOC_Os06g33710.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv16s0050g02670.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
GGTGCTTGATGGTATTGTGCAGCTGACCGAAAAGGATGAATGTGCATACCAGGAAATGGTTACTCACCTTCCACTGTGCTCGATTCCATCCCCCAAAAGTgtatgtttcttatctttgc-cataccatatgtttgcaaacctgaaaataatgaaagattttgcaatgcaaaatgtttgttagattattccagtactatgtt---
 ||||||||||| ||||| ||| ||| ||| || ||||||||||| || ||||| ||| || |||||||||| || || || |||  ||||||||| || |||  ||   ||| |     |||   |  | | | | |   ||  |||  |      |||||   || |  || | | |   |  |  ||| |  ||  ||   
TGTGCTTGATGGCATTGTTCAGTTGAGCGAGAAAGATGAATGTGCCTATCAGGAGATGATTGCTCACCTTCCCCTTTGTTCAATTGAATCCCCCAAGAGAgtaatttcactatttccaagcattggagttttattccatgttgtcaatgttctcc--ttttgacttggattatatctttctcacaa--ccatttttaatttgcc

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29681267|gb|CB677542.1|CB677542
EST:     AGGAAATGGTTACTCACCTTCCACTGTGCTCGATTCCATCCCCCAAAAGT                         GTTTTGGTTGTCGGAGGTGGTGATGGTGGTGTGCTACGAGAAATAGCCAGA
genomic: AGGAAATGGTTACTCACCTTCCACTGTGCTCGATTCCATCCCCCAAAAGTgtatgtttct ... tttgatgcagGTTTTGGTTGTCGGAGGTGGTGATGGTGGTGTGCTACGAGAAATAGCCAGA
EST: gi|29678039|gb|CB674314.1|CB674314
EST:     AGGAAATGGTTACTCACCTTCCACTGTGCTCGATTCCATCCCCCAAAAGT                         GTTTTGGTTGTCGGAGGTGGTGATGGTGGTGTGCTACGAGAAATAGCCAGA
genomic: AGGAAATGGTTACTCACCTTCCACTGTGCTCGATTCCATCCCCCAAAAGTgtatgtttct ... tttgatgcagGTTTTGGTTGTCGGAGGTGGTGATGGTGGTGTGCTACGAGAAATAGCCAGA
EST: gi|29661773|gb|CB658048.1|CB658048
EST:     AGGAAATGGTTACTCACCTTCCACTGTGCTCGATTCCATCCCCCAAAAGT                         GTTTTGGTTGTCGGAGGTGGTGATGGTGGTGTGCTACGAGAAATAGCCAGA
genomic: AGGAAATGGTTACTCACCTTCCACTGTGCTCGATTCCATCCCCCAAAAGTgtatgtttct ... tttgatgcagGTTTTGGTTGTCGGAGGTGGTGATGGTGGTGTGCTACGAGAAATAGCCAGA
EST: gi|58689103|gb|CK077790.1|CK077790
EST:     AGGAAATGGTTACTCACCTTCCACTGTGCTCGATTCCATCCCCCAAAAGT                         GTTTTGGTTGTCGGAGGTGGTGATGGTGGTGTGCTACGAGAAATAGCCAGA
genomic: AGGAAATGGTTACTCACCTTCCACTGTGCTCGATTCCATCCCCCAAAAGTgtatgtttct ... tttgatgcagGTTTTGGTTGTCGGAGGTGGTGATGGTGGTGTGCTACGAGAAATAGCCAGA
EST: gi|29674257|gb|CB670532.1|CB670532
EST:     AGGAAATGGTTACTCACCTTCCACTGTGCTCGATTCCATCCCCCAAAAGT                         GTTTTGGTTGTCGGAGGTGGTGATGGTGGTGTGCTACGAGAAATAGCCAGA
genomic: AGGAAATGGTTACTCACCTTCCACTGTGCTCGATTCCATCCCCCAAAAGTgtatgtttct ... tttgatgcagGTTTTGGTTGTCGGAGGTGGTGATGGTGGTGTGCTACGAGAAATAGCCAGA
EST: gi|38468529|gb|CF952660.1|CF952660
EST:     AGGAAATGGTTACTCACCTTCCACTGTGCTCGATTCCATCCCCCAAAAGT                         GTTTTGGTTGTCGGAGGTGGTGATGGTGGTGTGCTACGAGAAATAGCCAGA
genomic: AGGAAATGGTTACTCACCTTCCACTGTGCTCGATTCCATCCCCCAAAAGTgtatgtttct ... tttgatgcagGTTTTGGTTGTCGGAGGTGGTGATGGTGGTGTGCTACGAGAAATAGCCAGA
EST: gi|58690531|gb|CK079218.1|CK079218
EST:     AGGAAATGGTTACTCACCTTCCACTGTGCTCGATTCCATCCCCCAAAAGT                         GTTTTGGTTGTCGGAGGTGGTGATGGTGGTGTGCTACGAGAAATAGCCAGA
genomic: AGGAAATGGTTACTCACCTTCCACTGTGCTCGATTCCATCCCCCAAAAGTgtatgtttct ... tttgatgcagGTTTTGGTTGTCGGAGGTGGTGATGGTGGTGTGCTACGAGAAATAGCCAGA
EST: gi|29660327|gb|CB656602.1|CB656602
EST:     AGGAAATGGTTACTCACCTTCCACTGTGCTCGATTCCATCCCCCAAAAGT                         GTTTTGGTTGTCGGAGGTGGTGATGGTGGTGTGCTACGAGAAATAGCCAGA
genomic: AGGAAATGGTTACTCACCTTCCACTGTGCTCGATTCCATCCCCCAAAAGTgtatgtttct ... tttgatgcagGTTTTGGTTGTCGGAGGTGGTGATGGTGGTGTGCTACGAGAAATAGCCAGA