1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GGATCCATATGATGATTCTGTAATAAAAAAACTCATGCACCCAAATCTGAAACTGCTTCTTGTCACTGAAGGTCCAGAAGGTTGTAGATATTATTCTAAGgtaattttgtctgtctatcagctgtatatgactaacattcgcattgtttcttaaccaatttatgtcagtaaaaaattgttattgacgccctttctattat...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g12600.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AACTGCTTCTTGTCACTGAAGGTCCAGAAGGTTGTAGATATTATTTTAAG GAATTTAATGGGAGAGTTGGTGGACTTAAGGTGAATGCTGTTGACACCACTEST: gi|87010155|gb|CI279252.1|CI279252
genomic: AACTGCTTCTTGTCACTGAAGGTCCAGAAGGTTGTAGATATTATTCTAAGgtaattttgt ... aaaataacagGAATTTAATGGGAGAGTTGGTGGACTTAAGGTGAATGCTGTTGACACCACT
EST: AACTGCTTCTTGTCACTGAAGGTCCAGAAGGTTGTAGATATTATTCTAAG GAATTTAATGGGAGAGTTGGTGGACTTAAGGTGAATGCTGTTGACACCACTEST: gi|89186860|gb|CI053263.1|CI053263
genomic: AACTGCTTCTTGTCACTGAAGGTCCAGAAGGTTGTAGATATTATTCTAAGgtaattttgt ... aaaataacagGAATTTAATGGGAGAGTTGGTGGACTTAAGGTGAATGCTGTTGACACCACT
EST: AACTGCTTCTTGTCACTGAAGGTCCAGAAGGTTGTAGATATTATTCTAAG GAATTTAATGGGAGAGTTGGTGGACTTAAGGTGAATGCTGTTGACACCACTEST: gi|27545583|gb|CA763796.2|CA763796
genomic: AACTGCTTCTTGTCACTGAAGGTCCAGAAGGTTGTAGATATTATTCTAAGgtaattttgt ... aaaataacagGAATTTAATGGGAGAGTTGGTGGACTTAAGGTGAATGCTGTTGACACCACT
EST: AACTGCTTCTTGTCACTGAAGGTCCAGAAGGTTGTAGATATTATTCTAAG GAATTTAATGGGAGAGTTGGTGGACTTAAGGTGAATGCTGTTGACACCACTEST: gi|29632918|gb|CB637927.1|CB637927
genomic: AACTGCTTCTTGTCACTGAAGGTCCAGAAGGTTGTAGATATTATTCTAAGgtaattttgt ... aaaataacagGAATTTAATGGGAGAGTTGGTGGACTTAAGGTGAATGCTGTTGACACCACT
EST: AACTGCTTCTTGTCACTGAAGGTCCAGAAGGTTGTAGATATTATTCTAAG GAATTTAATGGGAGAGTTGGTGGACTTAAGGTGAATGCTGTTGACACCACTEST: gi|86859066|gb|CI276999.1|CI276999
genomic: AACTGCTTCTTGTCACTGAAGGTCCAGAAGGTTGTAGATATTATTCTAAGgtaattttgt ... aaaataacagGAATTTAATGGGAGAGTTGGTGGACTTAAGGTGAATGCTGTTGACACCACT
EST: AACTGCTTCTTGTCACTGAAGGTCCAGAAGGTTGTAGATATTATTCTAAG GAATTTAATGGGAGAGTTGGTGGACTTAAGGTGAATGCTGTTGACACCACTEST: gi|29685991|gb|CB682266.1|CB682266
genomic: AACTGCTTCTTGTCACTGAAGGTCCAGAAGGTTGTAGATATTATTCTAAGgtaattttgt ... aaaataacagGAATTTAATGGGAGAGTTGGTGGACTTAAGGTGAATGCTGTTGACACCACT
EST: AACTGCTTCTTGTCACTGAAGGTCCAGAAGGTTGTAGATATTATTCTAAG GAATTTAATGGGAGAGTTGGTGGACTTAAGGTGAATGCTGTTGACACCACT
genomic: AACTGCTTCTTGTCACTGAAGGTCCAGAAGGTTGTAGATATTATTCTAAGgtaattttgt ... aaaataacagGAATTTAATGGGAGAGTTGGTGGACTTAAGGTGAATGCTGTTGACACCACT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGATCCATATGATGATTCTGTAATAAAAAAACTCATGCACCCAAATCTGAAACTGCTTCTTGTCACTGAAGGTCCAGAAGGTTGTAGATATTATTCTAAGgtaattttgtctgtctatcagctgtatatgactaacattcgcattgtttcttaaccaatttatgtcagtaaaaaattgttattgacgccctttctattat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaat