1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
TTGGAATGAAGCACGAACATATGGAGACATCCAATTGATGCCCTTTGTTGATTATTATAGCCTGATTCTATGGAAGACTATAGCCATCTGCATCTATGGGgtatgtagttactttttttttgtatgtattttttgaaatattttgcatctaattcagcttaaatttttcctcttag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g12390.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATTATTATAGCCTGATTCTATGGAAGACTATAGCCATCTGCATCTATGGG ACAAACGTCTTGTCAGCCAAGTATGTGATGAAAACAGATGATGATGCTTTTEST: gi|58682889|gb|CK071576.1|CK071576
genomic: ATTATTATAGCCTGATTCTATGGAAGACTATAGCCATCTGCATCTATGGGgtatgtagtt ... ttcctcttagACAAACGTCTTGTCAGCCAAGTATGTGATGAAAACAGATGATGATGCTTTT
EST: ATTATTATAGCCTGATTCTATGGAAGACTATAGCCATCTGCATCTATGGG ACAAACGTCTTGTCAGCCAAGTATGTGATGAAAACAGATGATGATGCTTTTEST: gi|218485432|gb|FG946449.1|FG946449
genomic: ATTATTATAGCCTGATTCTATGGAAGACTATAGCCATCTGCATCTATGGGgtatgtagtt ... ttcctcttagACAAACGTCTTGTCAGCCAAGTATGTGATGAAAACAGATGATGATGCTTTT
EST: ATTATTATAGCCTGATTCTATGGAAGACTATAGCCATCTGCATCTATGGG ACAAACGTCTTGTCAGCCAAGTATGTGATGAAAACAGATGATGATGCTTTT
genomic: ATTATTATAGCCTGATTCTATGGAAGACTATAGCCATCTGCATCTATGGGgtatgtagtt ... ttcctcttagACAAACGTCTTGTCAGCCAAGTATGTGATGAAAACAGATGATGATGCTTTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTGGAATGAAGCACGAACATATGGAGACATCCAATTGATGCCCTTTGTTGATTATTATAGCCTGATTCTATGGAAGACTATAGCCATCTGCATCTATGGGgtatgtagttactttttttttgtatgtattttttgaaatattttgcatctaattcagcttaaatttttcctcttag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA