1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
CATGACAACTCCTAGCGGAAGGTTTGCCCCTCACAAAAGAATATGCCTATCAATGAGTGACTgtaagttaatatgatcatattttttttactttattatatgcaaggtttatcccgtgatcagattatgattacttttatatttaatgatttgaaacaatttccatcacttttaatttattatgtttttgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g09330.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TAGCGGAAGGTTTGCCCCTCACAAAAGAATATGCCTATCAATGAGTGACT TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGEST: gi|87010686|gb|CI312378.1|CI312378
genomic: TAGCGGAAGGTTTGCCCCTCACAAAAGAATATGCCTATCAATGAGTGACTgtaagttaat ... gtttttgcagTTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG
EST: AGCGGAAGGTTTGCCCTTCACAAAAGAATAGGCCTATCAATGAGTGACT TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGEST: gi|86599367|gb|CI251325.1|CI251325
genomic: AGCGGAAGGTTTGCCCCTCACAAAAGAATATGCCTATCAATGAGTGACTgtaagttaat ... gtttttgcagTTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG
EST: AATATGCCTATCAATGAGTGACT TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGEST: gi|86514651|gb|CI157284.1|CI157284
genomic: AATATGCCTATCAATGAGTGACTgtaagttaat ... gtttttgcagTTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG
EST: TCAATGAGTGACT TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGEST: gi|87035496|gb|CI190118.1|CI190118
genomic: TCAATGAGTGACTgtaagttaat ... gtttttgcagTTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG
EST: TAGCGGAAGGTTTGCCCCTCACAAAAGAATATGCCTATCAATGAGTGACT TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGEST: gi|88206366|gb|CI206215.1|CI206215
genomic: TAGCGGAAGGTTTGCCCCTCACAAAAGAATATGCCTATCAATGAGTGACTgtaagttaat ... gtttttgcagTTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG
EST: TGCCCCTCACAAAAGAATATGCCTATCAATGAGTGACT TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGEST: gi|86495662|gb|CI138295.1|CI138295
genomic: TGCCCCTCACAAAAGAATATGCCTATCAATGAGTGACTgtaagttaat ... gtttttgcagTTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG
EST: TAGCGGAAGGTTTGCCCCTCACAAAAGAATATGCCTATCAATGAGTGACT TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGEST: gi|8956608|gb|BE230283.1|BE230283
genomic: TAGCGGAAGGTTTGCCCCTCACAAAAGAATATGCCTATCAATGAGTGACTgtaagttaat ... gtttttgcagTTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG
EST: TAGCGGAAGGTTTGCCCCTCACAAAAGAATATGCCTATCAATGAGTGACT TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGEST: gi|7134934|gb|AU082746.1|AU082746
genomic: TAGCGGAAGGTTTGCCCCTCACAAAAGAATATGCCTATCAATGAGTGACTgtaagttaat ... gtttttgcagTTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG
EST: TAGCGGAAGGTTTGCCCCTCACAAAAGAATATGCCTATCAATGAGTGACT TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGEST: gi|218487817|gb|FG955497.1|FG955497
genomic: TAGCGGAAGGTTTGCCCCTCACAAAAGAATATGCCTATCAATGAGTGACTgtaagttaat ... gtttttgcagTTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG
EST: TAGCGGAAGGTTTGCCCCTCACAAAAGAATATGCCTATCAATGAGTGACT TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGEST: gi|218490255|gb|FG953556.1|FG953556
genomic: TAGCGGAAGGTTTGCCCCTCACAAAAGAATATGCCTATCAATGAGTGACTgtaagttaat ... gtttttgcagTTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG
EST: TAGCGGAAGGTTTGCCCCTCACAAAAGAATATGCCTATCAATGAGTGACT TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGEST: gi|218494998|gb|FG948724.1|FG948724
genomic: TAGCGGAAGGTTTGCCCCTCACAAAAGAATATGCCTATCAATGAGTGACTgtaagttaat ... gtttttgcagTTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG
EST: TAGCGGAAGGTTTGCCCCTCACAAAAGAATATGCCTATCAATGAGTGACT TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG
genomic: TAGCGGAAGGTTTGCCCCTCACAAAAGAATATGCCTATCAATGAGTGACTgtaagttaat ... gtttttgcagTTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CATGACAACTCCTAGCGGAAGGTTTGCCCCTCACAAAAGAATATGCCTATCAATGAGTGACTgtaagttaatatgatcatattttttttactttattatatgcaaggtttatcccgtgatcagattatgattacttttatatttaatgatttgaaacaatttccatcacttttaatttattatgtttttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA