Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCCGATTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggttttatcttttatttacctccttttatgttgctttgctgcttgcttatactgtgttacttacgtatgaacttccgcttttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g06030.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g06030.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G102596_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
----CTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCCGATTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggttttatcttttatttacctccttttatgttgctttgctgcttgcttatactgtgttacttacgta-tgaacttcc----gcttttcag
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||| |||| | | | ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||| |    |||||    | ||  |  | ||||| | || ||   ||||||   || | | || |  | |||||||||     ||||||||
GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAACAGgttctctgttggctctggttcactgtatgcttatggtatcttggatgatgggtaggct----ctttttaacatctgatgatgtgttgatgtgttgtccgcttattaagtttgagttgcacaatgaacttccctccacttttcag

upper sequence: LOC_Os06g06030.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G102596_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
CTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCCGATTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggttttatcttttatttacctccttttatgttgctttgctgcttgcttatactgtgttacttacgta-tgaacttcc----gcttttcag
||||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||| |||| | | | ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||| |    |||||    | ||  |  | ||||| | || ||   ||||||   || | | || |  | |||||||||     ||||||||
CTGGCTTGTACTATGTTGACAGTGAGGGTGCGCGGCTCGTGGGGAACAGGTTCTCTGTTGGCTCTGGTTCACTGTATGCTTATGGTATCTTGGATGATGGgtaggct----ctttttaacatctgatgatgtgttgatgtgttgtccgcttattaagtttgagttgcacaatgaacttccctccacttttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86834043|gb|CI340182.1|CI340182
EST:     TCAGGTTCTCTGTATGCCTAT-GTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|88220599|gb|CI220159.1|CI220159
EST:     CTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: CTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|87013546|gb|CI267247.1|CI267247
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|163927773|gb|EG710541.1|EG710541
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|8856468|gb|AU093786.1|AU093786
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|87011551|gb|CI279460.1|CI279460
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|88222659|gb|CI222615.1|CI222615
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|58663124|gb|CK051810.1|CK051810
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|9886191|gb|AU102084.1|AU102084
EST:     ATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGN                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: ATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|86863036|gb|CI344817.1|CI344817
EST:     TTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|86538793|gb|CI178999.1|CI178999
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|86256727|gb|CI061490.1|CI061490
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|3766709|gb|AU030819.1|AU030819
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|13896917|gb|AU183253.1|AU183253
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|86508934|gb|CI151567.1|CI151567
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|86546954|gb|CI187160.1|CI187160
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|15858319|gb|BI811131.1|BI811131
EST:     TTCTC--TT-GATCA-GTTCTCTGTATCCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACC-CTATGTGATGCCA-TTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|88955901|gb|CI092189.1|CI092189
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|86600016|gb|CI258356.1|CI258356
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTGTCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|29669742|gb|CB666017.1|CB666017
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|15853058|gb|BI805854.1|BI805854
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAA-GCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|29669743|gb|CB666018.1|CB666018
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|8858108|gb|AU095426.1|AU095426
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|86596410|gb|CI284721.1|CI284721
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|5455491|gb|AU075627.1|AU075627
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|89163801|gb|CI100691.1|CI100691
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|1631791|gb|C19520.1|C19520
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|3762860|gb|AU029612.1|AU029612
EST:     CTCTGTTGGAATCAGGTNCCTCTGTATGCCTATGGTANCTTGGACGAGGT                         TTACCGCTATGTGATGCCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAAGTTAGCAAGGCGG
genomic: CTCTGTTGG-ATCAGGT-TCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATG-CCAGTTGAGGAAGCTGCTG-AGTTAGCAAGGCGG
EST: gi|88243749|gb|CI242871.1|CI242871
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|86538200|gb|CI178406.1|CI178406
EST:     ATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: ATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|10931156|gb|AU161430.1|AU161430
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|58695529|gb|CK084216.1|CK084216
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|87028445|gb|CI263787.1|CI263787
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|16754141|gb|BM038520.1|BM038520
EST:     TTCTCT-TTGGATCAGNTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|88976012|gb|CI024261.1|CI024261
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|86258925|gb|CI004469.1|CI004469
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|86432198|gb|CI085809.1|CI085809
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|286718|gb|D15525.1|D15525
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|86433348|gb|CI093691.1|CI093691
EST:     CTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: CTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|58586566|gb|CF984874.1|CF984874
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|58592922|gb|CF991230.1|CF991230
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|88223908|gb|CI223757.1|CI223757
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|87030568|gb|CI254997.1|CI254997
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|88958388|gb|CI095906.1|CI095906
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|88202289|gb|CI201151.1|CI201151
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|89166369|gb|CI103459.1|CI103459
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|8857457|gb|AU094775.1|AU094775
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|88829945|gb|CI004983.1|CI004983
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|86546949|gb|CI187155.1|CI187155
EST:     TCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|87020073|gb|CI277805.1|CI277805
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|88264166|gb|CI367940.1|CI367940
EST:     TTCTCTTTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|18385671|gb|BM418870.1|BM418870
EST:     TTCTCT-TTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAA-CTGCTGAGTTA-CAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|22307308|gb|BQ908530.1|BQ908530
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|88244321|gb|CI243443.1|CI243443
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|89168512|gb|CI038866.1|CI038866
EST:     TGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|88266482|gb|CI377384.1|CI377384
EST:     TCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGG
genomic: TCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGA-GGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGG
EST: gi|88839518|gb|CI005306.1|CI005306
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|88212830|gb|CI210681.1|CI210681
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|89162316|gb|CI104644.1|CI104644
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|86534366|gb|CI174572.1|CI174572
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|8858755|gb|AU096073.1|AU096073
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTNTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGNC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|88252338|gb|CI350766.1|CI350766
EST:     GTTGGATCACGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAATTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: GTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|89164725|gb|CI101813.1|CI101813
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|88984991|gb|CI011849.1|CI011849
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|87030611|gb|CI255040.1|CI255040
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCACTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|88204694|gb|CI204543.1|CI204543
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|87024937|gb|CI261446.1|CI261446
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|88847618|gb|CI018309.1|CI018309
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|15848964|gb|BI797240.1|BI797240
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTA-CAAGGCGGG
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATG-CCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGG
EST: gi|88211012|gb|CI212445.1|CI212445
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|3762012|gb|C99260.1|C99260
EST:     TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGG
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATG-CCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGG
EST: gi|86878418|gb|CI319636.1|CI319636
EST:     TTCTCCGTT-GATCAGGTTCTCTG-ATGCCTATGGTATCTTGGACGATGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
genomic: TTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC
EST: gi|86873262|gb|CI341487.1|CI341487
EST:     TCTCT-TATGCCTAT-GTATCTTGGACGAGGG                         TTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAG-TAGCAAGGCGGGC
genomic: TCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 62 (upstream exon), 71 (downstream exon)
Score: 17

CTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCCGATTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACGAGGGgtaggtttta ... cgcttttcagTTACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCTATTTACCAAGCTACATTCCGTGATGGGGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGC




<











<


<