Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCCAAACAACCTCATGCCCTTCGTCCAGCAGGTCGCTGTTGGCAGGAGGCCGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGGgtatgtatatgcattattcattcattctcaacaatcagtcgtatatgatttactaattaattttattccttgccggcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g51670.2
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|218494764|gb|FG965511.1|FG965511
EST:     CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGG                         GTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
genomic: CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGGgtatgtatat ... ttgccggcagGTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
EST: gi|218481702|gb|FG969560.1|FG969560
EST:     CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGG                         GTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
genomic: CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGGgtatgtatat ... ttgccggcagGTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
EST: gi|33681007|gb|CF309246.1|CF309246
EST:     CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGG                         GTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
genomic: CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGGgtatgtatat ... ttgccggcagGTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
EST: gi|58588964|gb|CF987272.1|CF987272
EST:     CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGG                         GTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
genomic: CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGGgtatgtatat ... ttgccggcagGTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
EST: gi|218783417|gb|GE329469.1|GE329469
EST:     CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGG                         GTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
genomic: CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGGgtatgtatat ... ttgccggcagGTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
EST: gi|29621545|gb|CB626556.1|CB626556
EST:     CGGCCCCTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGG                         GTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGAT
genomic: CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGGgtatgtatat ... ttgccggcagGTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGAT
EST: gi|33679559|gb|CF307798.1|CF307798
EST:     CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGG                         GTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
genomic: CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGGgtatgtatat ... ttgccggcagGTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
EST: gi|29684846|gb|CB681121.1|CB681121
EST:     CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGG                         GTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
genomic: CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGGgtatgtatat ... ttgccggcagGTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
EST: gi|33661837|gb|CF292804.1|CF292804
EST:     CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGG                         GTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
genomic: CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGGgtatgtatat ... ttgccggcagGTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
EST: gi|33686980|gb|CF315219.1|CF315219
EST:     CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGG                         GTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
genomic: CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGGgtatgtatat ... ttgccggcagGTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
EST: gi|218482145|gb|FG968615.1|FG968615
EST:     CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGG                         GTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
genomic: CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGGgtatgtatat ... ttgccggcagGTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
EST: gi|218505351|gb|FG968507.1|FG968507
EST:     CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGG                         GTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
genomic: CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGGgtatgtatat ... ttgccggcagGTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
EST: gi|218498936|gb|FG953341.1|FG953341
EST:     CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGG                         GTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG
genomic: CGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGGgtatgtatat ... ttgccggcagGTTCGTGACTATATCCATGTTGTTGATCTAGCGGATGGTCATATCGCCGCG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCCAAACAACCTCATGCCCTTCGTCCAGCAGGTCGCTGTTGGCAGGAGGCCGGCCCTTACCGTCTATGGAACCGACTACAACACCAAGGATGGAACTGGGgtatgtatatgcattattcattcattctcaacaatcagtcgtatatgatttactaattaattttattccttgccggcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA