Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTGGTGTAATTACGGAGCGGTGCTACGGCTGTGGACGATGCTTGTCGGTTTGCCCTTATGACAGAATAAgtgagcactgagtaatgcattccttcgtttttcctttatggcatcatgacaatagtttacatgacctttgttcccacagtgttctttacatgtatatgtagcatccctatgtttttaagcataatctgatacttccacgcctttgtgtatcttatagaagctacaagccttgcttgaaaacatttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g06510.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g06510.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM5G864166_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
GGTGGTGTAATTACGGAGCGGTGCTACGGCTGTGGACGATGCTTGTCGGTTTGCCCTTATGACAGAATAAgtgagcactg-agtaatgcattccttcgttttt-cctttatggcatcatgacaatagtttacatgacctttgttcccacagtgtt--ctttacatgtatatgtagcatccctatgtttttaagcataatctgatacttccacgcctttgtgtatcttatagaagctacaagccttgcttgaaaacatttcag
|||||||||||||| ||||||||||| || ||||| || |||||| | |||||||| ||||||||||||||||||  ||| | |  |   ||  | |||| ||  |||| || ||||||   ||||||| ||  |   || ||      |||  |  ||||   || | |                                                                                            
GGTGGTGTAATTACTGAGCGGTGCTATGGATGTGGTCGGTGCTTGCCAGTTTGCCCGTATGACAGAATAAgtgagtgctgtacttcttttttgttccgttcttgtctttttgtcatcatctgaatagttcactcggagttagtaagacaagtaatacctttgattgcaca--------------------------------------------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29661372|gb|CB657647.1|CB657647
EST:     GTGCTACGGCTGTGGACGATGCTTGTCGGTTTGCCCTTATGACAGAATAA                         GAGCTATGTCGTATGTTCGAGATCCTGCTATGACTGCTGAACTGTTGAAAA
genomic: GTGCTACGGCTGTGGACGATGCTTGTCGGTTTGCCCTTATGACAGAATAAgtgagcactg ... aacatttcagGAGCTATGTCGTATGTTCGAGATCCTGCTATGACTGCTGAACTGTTGAAAA