Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGCAGTTCCTTCTAGTGTCGTGGTTCTTACCCCAGAGACCTTCGACTCTGTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctattatgatcagcctgttgttcatcaaacctttttatcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g06430.2
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g06430.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G170845_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
CTGCAGTTCCTTCTAGTGTCGTGGTTCTTACCCCAGAGACCTTCGACTCTGTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctattatgatcagcctgttgttcatcaaaccttttt--atcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcag
||||  ||||||| || ||||||||||| ||  |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  | ||| ||| ||| | | | || || | ||  | |||  |||| |||   | | |||| || |  |   | | ||   |||   ||| |||
CTGCCATTCCTTCAAGCGTCGTGGTTCTGACTTCAGAGACCTTTGACTCAATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatcatgttcaacttat-gtccacctaaattatttccatcacgctactttactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacag

upper sequence: LOC_Os05g06430.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G159369_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
CTGCAGTTCCTTCTAGTGTCGTGGTTCTTACCCCAGAGACCTTCGACTCTGTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctattatgatcagcctgttgttcatcaaaccttttt--atcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcag
||||  ||||||| || ||||||||||| ||  |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  | ||| ||| ||| | | | || || | ||  | |||  |||  |||   | | |||| || |  |   | | ||   |||   ||| |||
CTGCCATTCCTTCAAGCGTCGTGGTTCTGACTTCAGAGACCTTTGACTCAATTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTTGAGTTTTATGCCCCATGgttggttatcatgttcaacttat-gtccacctaaattatttccatctcgctactttactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacag

upper sequence: LOC_Os05g06430.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: AC199571.3_FGT004 (Zea mays), 5'ss of exon 2
------------------CTGCAGTTCCTTCTAGTGTCGTGGTTCTTACCCCAGAGACCTTCGACTCTGTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctattatgatcagcctgttgttcatc--aaacctttttatcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcag
                  ||||  ||||||| || ||||||||||| ||  |||||||||| |||||  |||||||||||||                     ||| |||||||||||||  | ||| ||| ||| | | | || || |  ||   |||  |||| |||   ||| |||| || |  |   | | ||   |||   ||| |||
GTACCAATGTCAAGATAGCTGCCATTCCTTCAAGCGTCGTGGTTCTGACTTCAGAGACCTTTGACTCAATTGTCCTTGATGA---------------------GTTTTATGCCCCATGgttggttatcatgttcaacttat-gtccacctaaagtatttccatcacgctacttcactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacag

upper sequence: LOC_Os05g06430.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G008647_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
------------------CTGCAGTTCCTTCTAGTGTCGTGGTTCTTACCCCAGAGACCTTCGACTCTGTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctattatgatcagcctgttgttcatcaaaccttttt--atcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcag
                  ||||  ||||||| || ||||||||||| ||  |||||||||| |||||  |||||||||||||                     ||| |||||||||||||  | ||| ||| ||| | | | || || | ||  | |||  |||| |||   | | |||| || |  |   | | ||   |||   ||| |||
GTACCAATGTCAAGATAGCTGCCATTCCTTCAAGCGTCGTGGTTCTGACTTCAGAGACCTTTGACTCAATTGTCCTTGATGA---------------------GTTTTATGCCCCATGgttggttatcatgttcaacttat-gtccacctaaattatttccatcacgctactttactgaaattgaactgcattgttgacccttctgtttacag

upper sequence: LOC_Os05g06430.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G404011_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
-----------------------------------CTGCAGTTCCTTCTAGTGTCGTGGTTCTTACCCCAGAGACCTTCGACTCTGTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctattatgatcagcctgttgttcatcaaacctttttatcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcag
                                    |||  ||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||                                                                                                      
ATGTTCACGGTGTTTCAGGTACCAATgtaagatagttgccattccttcaagtgtcgtggttctgacttcagagacctttgactcaattgtccttgatgaaaccaaagatgtccttgttgagtttta------------------------------------------------------------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58662435|gb|CK051121.1|CK051121
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|58684543|gb|CK073230.1|CK073230
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|27577315|gb|CB000010.1|CB000010
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|27576419|gb|CA999113.1|CA999113
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGC
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGC
EST: gi|58653948|gb|CK042628.1|CK042628
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|58659841|gb|CK048521.1|CK048521
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|58690891|gb|CK079578.1|CK079578
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|12622813|gb|AU173026.1|AU173026
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|27577494|gb|CB000189.1|CB000189
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: gi|58675064|gb|CK063751.1|CK063751
EST:     GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG                         GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTGCAGTTCCTTCTAGTGTCGTGGTTCTTACCCCAGAGACCTTCGACTCTGTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctattatgatcagcctgttgttcatcaaacctttttatcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG