1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
CTGCAGTTCCTTCTAGTGTCGTGGTTCTTACCCCAGAGACCTTCGACTCTGTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctattatgatcagcctgttgttcatcaaacctttttatcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g06430.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|58675064|gb|CK063751.1|CK063751
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|58684543|gb|CK073230.1|CK073230
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|27577315|gb|CB000010.1|CB000010
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|27577494|gb|CB000189.1|CB000189
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|27576419|gb|CA999113.1|CA999113
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCEST: gi|58653948|gb|CK042628.1|CK042628
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGC
EST: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|58659841|gb|CK048521.1|CK048521
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|58690891|gb|CK079578.1|CK079578
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG GTGCGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCGEST: gi|12622813|gb|AU173026.1|AU173026
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
EST: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATG GTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
genomic: GTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctatt ... tgttttgcagGTGTGGTCACTGCAAGCATCTTGCTCCG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTGCAGTTCCTTCTAGTGTCGTGGTTCTTACCCCAGAGACCTTCGACTCTGTTGTCCTTGATGAAACCAAAGATGTCCTTGTAGAGTTCTATGCCCCATGgtatgctattatgatcagcctgttgttcatcaaacctttttatcatgctgtatcaatgaatttaattttgttggatgctgctttgttttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG