Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTTGAGTATGTGCCAGAGACTGCTCACCGTGTAATTAAACATTACAACAAGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAGgtaacgttacacacctagatcttctaatctatcctagcacaattatgcattgagtataacatggaaaacctattataattgacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g04340.2
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g04340.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G155836_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
GCTTGAGTATGTGCCAGAGACTGCTCACCGTGTAATTAAACATTACAACAAGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAGgtaacg-ttacacacctagatcttctaatctatcctagcacaattatgcattgagtataacatggaaaacctattataattgacag
|||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||| | |||| |  || |   || |   |    |  | | || |        |   |||||||  |||||| ||   ||| ||||
GCTTGAGTATGTACCGGAGACTGCTCATCGTGTCATCAAACATTACAACAAGATGAACCAGCGCATGCCTTTGATTTATGCAAAACTGTATATGTATCAGgtaaagcttactctgctgggagttgttgacagatcctgtataactgcatgacaatagtaacatgtcaaacct-ttgcgattcacag

upper sequence: LOC_Os05g04340.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA10G01280.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
GCTTGAGTATGTGCCAGAGACTGCTCACCGTGTAATTAAACATTACAACAAGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAGgtaacgttacacacctagatcttctaatctatcctag----cacaattatgc--attgagtataaca-tggaaaacctattataattgacag--------------
 ||||||||||| || |||||||  ||||| || || | |||||||||||| ||||| ||| | ||||| ||||||||||  ||||| ||  | || ||||||   |   | |  |  || ||||  | | |  ||      || |||| |   ||||  |||| || |        | | ||   |   |               
ACTTGAGTATGTTCCTGAGACTGTCCACCGAGTTATCAGACATTACAACAAAATGAATCAAAGAATGCCTTTGATATATGTGAAACTCTATTTTTACCAGgtactatattaaaattt-attttcttctttcttgtaagttttactattaaggcaattgtctatatcactttgttggttctcatttcttctatttcttattttttag

upper sequence: LOC_Os05g04340.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv07s0005g02100.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
GCTTGAGTATGTGCCAGAGACTGCTCACCGTGTAATTAAACATTACAACAAGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAGgta-acgttacacacctagatcttctaatctatcctagcacaattatgcattgagtataacatggaaaacctattataattgacag-----------------
|||||||||||| || ||||||| ||| || || || ||||| ||||| |||||||||||  | |||||| |||||||||  ||||| ||||  || |||||     ||| | |  || ||  ||| || | |  || |     | |   || | | | |      || ||| ||  |||| | |                  
GCTTGAGTATGTCCCTGAGACTGTTCATCGGGTGATCAAACACTACAATAAGATGAACCAGAGGATGCCAATGATATATGTGAAACTTTACACTTACCAGgtttgtattatatatatatatagtctgattt-tattaactttgctgt-tttttatttttattccacaatcctgttg-aatttatatctttatatggcactatt

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88742984|gb|CI766492.1|CI766492
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAG                         ATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAGgtaacgttac ... taattgacagATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
EST: gi|58679859|gb|CK068546.1|CK068546
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAG                         ATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAGgtaacgttac ... taattgacagATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACA-G
EST: gi|58671594|gb|CK060280.1|CK060280
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAG                         ATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAGgtaacgttac ... taattgacagATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
EST: gi|66928190|gb|CX115038.1|CX115038
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAG                         ATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAGgtaacgttac ... taattgacagATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
EST: gi|29630931|gb|CB635940.1|CB635940
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAG                         ATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAGgtaacgttac ... taattgacagATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
EST: gi|58690705|gb|CK079392.1|CK079392
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAG                         ATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAGgtaacgttac ... taattgacagATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
EST: gi|88356165|gb|CI627613.1|CI627613
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAAATATACATGTATCAG                         ATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAGgtaacgttac ... taattgacagATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
EST: gi|29629558|gb|CB634567.1|CB634567
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAG                         ATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCATTGATATATGCAAAACTATACATGTATCAGgtaacgttac ... taattgacagATATGCAGAGCTTTGGCGTACATTCACAACACCATTGGCGTGTGTCACAGG