1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
TGTCCTATACTCATCAGTTGTGTATCCCCATAATTATGGTTTCATTCCAAGGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccattgtgcttcttttcttttaaacatgcaaaacagtcctttgcattattaactgatagtgtctgagagcaggggatcagcctgcaagtccttt...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g59040.3 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGEST: gi|3768324|gb|AU032351.1|AU032351
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: CACTTTGTGAAAGACAATGATCCAATGGATGGTCCTGGGTCCTGATGCAG GAGCCTGTTAATCCTGGGTTCCTTCCTCCGTGCTAAAGCAATTGGCCTEST: gi|33794379|gb|CF323075.1|CF323075
genomic: CACTTTGTGAA-GACAATGATCCAATGGATGTTC-TGG-TCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGG-TTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCT
EST: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGEST: gi|88300646|gb|CI587450.1|CI587450
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGEST: gi|88427290|gb|CI586838.1|CI586838
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCEST: gi|33686066|gb|CF314305.1|CF314305
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGC
EST: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGEST: gi|58602895|gb|CK013423.1|CK013423
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGEST: gi|66915284|gb|CX102132.1|CX102132
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGEST: gi|27554006|gb|CA997906.1|CA997906
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGEST: gi|55433023|gb|CV729535.1|CV729535
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGEST: gi|32948454|gb|BP185026.1|BP185026
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGEST: gi|58599062|gb|CK009590.1|CK009590
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTAEST: gi|55409712|gb|CV722088.1|CV722088
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTA
EST: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCEST: gi|33681023|gb|CF309262.1|CF309262
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGC
EST: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGEST: gi|33693190|gb|CF321429.1|CF321429
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGEST: gi|58671895|gb|CK060581.1|CK060581
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGEST: gi|86498605|gb|CI141238.1|CI141238
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGEST: gi|55434349|gb|CV730296.1|CV730296
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGEST: gi|163925905|gb|EG712281.1|EG712281
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATG
EST: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTEST: gi|86848615|gb|CI293930.1|CI293930
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATT
EST: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAG GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCC
genomic: GGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccat ... atccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGTCCTATACTCATCAGTTGTGTATCCCCATAATTATGGTTTCATTCCAAGGACACTTTGTGAAGACAATGATCCAATGGATGTTCTGGTCCTGATGCAGgtaactccattgtgcttcttttcttttaaacatgcaaaacagtcctttgcattattaactgatagtgtctgagagcaggggatcagcctgcaagtccttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcagggg