1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
CTTGAAAAAGGAAGGGTCGTTATCTTTGCTGGTATTGGTGCTGGCATAGGAAATCCACTTTTCACCACAGATACAGCTGCTGCCTTGAGAGCTTCTGAAAgtatgttgctgaaattccctcctaaagcggcttcttgtggctttggttaatgagcttgaattgactgttcccatttcttaggtgtgattatttttgcattgacatatatctgattagatttgttgtcaaccag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g33300.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCACCACAGATACAGCTGCTGCCTTGAGAGCTTCTGAAA TCAATGCAGATGTTGTGCTTAAAGGTACCGCCGGAGATGACGATTATGGTTEST: gi|163926185|gb|EG712845.1|EG712845
genomic: TCACCACAGATACAGCTGCTGCCTTGAGAGCTTCTGAAAgtatgttgct ... tgtcaaccagTCAATGCAGATGTTGTGCTTAAAGGTACCGCCGGAGATGACGATTATGGTT
EST: AAATCCACTTTTCACCACAGATACAGCTGCTGCCTTGAGAGCTTCTGAAA TCAATGCAGATGTTGTGCTTAAAGGTACCGCCGGAGATGACGATTATGGTTEST: gi|218492483|gb|FG960107.1|FG960107
genomic: AAATCCACTTTTCACCACAGATACAGCTGCTGCCTTGAGAGCTTCTGAAAgtatgttgct ... tgtcaaccagTCAATGCAGATGTTGTGCTTAAAGGTACCGCCGGAGATGACGATTATGGTT
EST: AAATCCACTTTTCACCACAGATACAGCTGCTGCCTTGAGAGCTTCTGAAA TCAATGCAGATGTTGTGCTTAAAGGTACCGACGGAGATGACGATTATGGTTEST: gi|87039017|gb|CI193639.1|CI193639
genomic: AAATCCACTTTTCACCACAGATACAGCTGCTGCCTTGAGAGCTTCTGAAAgtatgttgct ... tgtcaaccagTCAATGCAGATGTTGTGCTTAAAGGTACCGCCGGAGATGACGATTATGGTT
EST: AAATCCACTTTTCACCACAGATACAGCTGCTGCCTTGAGAGCTTCTGAAA TCAATGCAGATGTTGTGCTTAAAGGTACCGCCGGAGATGACGATTATGGTTEST: gi|25806638|gb|CA762599.1|CA762599
genomic: AAATCCACTTTTCACCACAGATACAGCTGCTGCCTTGAGAGCTTCTGAAAgtatgttgct ... tgtcaaccagTCAATGCAGATGTTGTGCTTAAAGGTACCGCCGGAGATGACGATTATGGTT
EST: ACTTTTCACCACAGATACAGCTGCTGCCTTGAGAGCTTCTGAAA TCAATGCAGATGTTGTGCTTAAAGGTACCGCCGGAGATGACGATTATGGTTEST: gi|58595083|gb|CF993391.1|CF993391
genomic: ACTTTTCACCACAGATACAGCTGCTGCCTTGAGAGCTTCTGAAAgtatgttgct ... tgtcaaccagTCAATGCAGATGTTGTGCTTAAAGGTACCGCCGGAGATGACGATTATGGTT
EST: AAATCCACTTTTCACCACAGATACAGCTGCTGCCTTGAGAGCTTCTGAAA TCAATGCAGATGTTGTGCTTAAAGGTACCGCGGGAGATGACGATTATGGTT
genomic: AAATCCACTTTTCACCACAGATACAGCTGCTGCCTTGAGAGCTTCTGAAAgtatgttgct ... tgtcaaccagTCAATGCAGATGTTGTGCTTAAAGGTACCGCCGGAGATGACGATTATGGTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTTGAAAAAGGAAGGGTCGTTATCTTTGCTGGTATTGGTGCTGGCATAGGAAATCCACTTTTCACCACAGATACAGCTGCTGCCTTGAGAGCTTCTGAAAgtatgttgctgaaattccctcctaaagcggcttcttgtggctttggttaatgagcttgaattgactgttcccatttcttaggtgtgattatttttgcattgacatatatctgattagatttgttgtcaaccag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT