1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
ATATATTGTATGACTCGTGGTCACCGGCGATGACCGTTAGTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagcttcactgtgtcctctcctgtttaaatggagatcatgcatctgaccatattatatgtttattatatgttggtgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g47770.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAG CAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGGEST: gi|88996042|gb|CI037333.1|CI037333
genomic: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagc ... gttggtgcagCAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGG
EST: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAG CAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGGEST: gi|88205530|gb|CI205379.1|CI205379
genomic: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagc ... gttggtgcagCAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGG
EST: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAG CAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGGEST: gi|8859712|gb|AU097030.1|AU097030
genomic: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagc ... gttggtgcagCAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGG
EST: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAG CAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGGEST: gi|88988979|gb|CI040706.1|CI040706
genomic: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagc ... gttggtgcagCAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGG
EST: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAG CAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGGEST: gi|88503813|gb|CI431319.1|CI431319
genomic: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagc ... gttggtgcagCAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGG
EST: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAG CAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGGEST: gi|88480382|gb|CI417653.1|CI417653
genomic: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagc ... gttggtgcagCAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGG
EST: TTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAG CAACGTCCTGCCNACAATGATCGCTATTTCAGGAACTNCCGCAATGGGAGGEST: gi|88469861|gb|CI407132.1|CI407132
genomic: TTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagc ... gttggtgcagCAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGG
EST: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAG CAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGGEST: gi|89177790|gb|CI390969.1|CI390969
genomic: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagc ... gttggtgcagCAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGG
EST: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAG CAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGGEST: gi|88479613|gb|CI416884.1|CI416884
genomic: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagc ... gttggtgcagCAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGG
EST: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAG CAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGGEST: gi|33813694|gb|CF332734.1|CF332734
genomic: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagc ... gttggtgcagCAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGG
EST: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAG CAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGGEST: gi|87034301|gb|CI188925.1|CI188925
genomic: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagc ... gttggtgcagCAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGG
EST: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAG CAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGGEST: gi|88483922|gb|CI421193.1|CI421193
genomic: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagc ... gttggtgcagCAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGG
EST: TGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAG CAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGGEST: gi|86432724|gb|CI086335.1|CI086335
genomic: TGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagc ... gttggtgcagCAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGG
EST: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAG CAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGGEST: gi|88434806|gb|CI549003.1|CI549003
genomic: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagc ... gttggtgcagCAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGG
EST: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAG CAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGGEST: gi|88476130|gb|CI413401.1|CI413401
genomic: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagc ... gttggtgcagCAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGG
EST: TTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAG CAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGGEST: gi|88206195|gb|CI206044.1|CI206044
genomic: TTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagc ... gttggtgcagCAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGG
EST: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAG CAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGGEST: gi|88429510|gb|CI551575.1|CI551575
genomic: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagc ... gttggtgcagCAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGG
EST: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAG CAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGGEST: gi|88413273|gb|CI523834.1|CI523834
genomic: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagc ... gttggtgcagCAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGG
EST: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAG CAACGTCCTNCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGGEST: gi|11565148|gb|AU165784.1|AU165784
genomic: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagc ... gttggtgcagCAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGG
EST: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAG CAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGG
genomic: GTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagc ... gttggtgcagCAACGTCCTGCCGACAATGATCGCTATGTCAGGAACTGCCGCAATGGGAGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATATATTGTATGACTCGTGGTCACCGGCGATGACCGTTAGTTCTGTTTGTATCAGTATCTTGTCCATGTTGTCAAGCTCACCAGCAAAGgttatagagcttcactgtgtcctctcctgtttaaatggagatcatgcatctgaccatattatatgtttattatatgttggtgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG