1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
ATTTCCTAGTCAACCTTATTGGGAAATGGAAGGAATCTGAGTACTCTGGCCATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaagaatcaatttcatcaatgaggccttcatctctttgtgctcgcaattttagtttctgttactgtttgataaaatttacttttaattatacttaccttggcatatgcactggaaatgttgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g11440.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG TTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTTEST: gi|86519507|gb|CI159713.1|CI159713
genomic: CATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaagaatc ... aatgttgcagTTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTT
EST: CATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG TTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTTEST: gi|27577737|gb|CB000432.1|CB000432
genomic: CATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaagaatc ... aatgttgcagTTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTT
EST: CATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG TTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTTEST: gi|29616183|gb|CB621195.1|CB621195
genomic: CATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaagaatc ... aatgttgcagTTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTT
EST: CATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG TTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTTEST: gi|29627509|gb|CB632520.1|CB632520
genomic: CATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaagaatc ... aatgttgcagTTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTT
EST: CATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG TTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTTEST: gi|699763|gb|D46054.1|D46054
genomic: CATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaagaatc ... aatgttgcagTTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTT
EST: CATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG TTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGNCTTEST: gi|58679189|gb|CK067876.1|CK067876
genomic: CATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaagaatc ... aatgttgcagTTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTT
EST: CATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG TTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTTEST: gi|27554203|gb|CA998103.1|CA998103
genomic: CATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaagaatc ... aatgttgcagTTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTT
EST: CATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG TTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTTEST: gi|29665157|gb|CB661432.1|CB661432
genomic: CATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaagaatc ... aatgttgcagTTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTT
EST: CATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG TTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTTEST: gi|33796315|gb|CF324025.1|CF324025
genomic: CATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaagaatc ... aatgttgcagTTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTT
EST: CATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG TTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTTEST: gi|9864956|gb|AU100706.1|AU100706
genomic: CATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaagaatc ... aatgttgcagTTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTT
EST: CTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG TTTAGCTGATGTTCCTCGCAAATCCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCEST: gi|86490193|gb|CI132826.1|CI132826
genomic: CTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaagaatc ... aatgttgcagTTTAGCTGATGTT-CTCGCAAAT-CCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTC
EST: GTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG TTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTTEST: gi|66914888|gb|CX101736.1|CX101736
genomic: GTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaagaatc ... aatgttgcagTTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTT
EST: GCTCCATCAAG TTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTT
genomic: GCTCCATCAAGgtgaagaatc ... aatgttgcagTTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATTTCCTAGTCAACCTTATTGGGAAATGGAAGGAATCTGAGTACTCTGGCCATTCTGTTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaagaatcaatttcatcaatgaggccttcatctctttgtgctcgcaattttagtttctgttactgtttgataaaatttacttttaattatacttaccttggcatatgcactggaaatgttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG