1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GCAATACTAACCTCAACAATCTGATGAGCATGTTCAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgattttctctaaattttggagtgcaatactgcaagaaatagtcacattaatatttttttgaaattcttttcgagttggagtcggttggtttgccctcattaagcaatgccaatatttgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g03920.4 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|86415426|gb|CI069829.1|CI069829
genomic: TGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|88955460|gb|CI091552.1|CI091552
genomic: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|86483446|gb|CI126079.1|CI126079
genomic: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: GTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|88978796|gb|CI385137.1|CI385137
genomic: GTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|86413823|gb|CI068030.1|CI068030
genomic: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|86844055|gb|CI336736.1|CI336736
genomic: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CAGTGGGCTCGCTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACAAAAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|86837742|gb|CI343221.1|CI343221
genomic: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: TTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|88242999|gb|CI244121.1|CI244121
genomic: TTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|88228003|gb|CI227483.1|CI227483
genomic: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|88487667|gb|CI424938.1|CI424938
genomic: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: GTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|88850993|gb|CI096383.1|CI096383
genomic: GTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|86428136|gb|CI073233.1|CI073233
genomic: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|157650080|gb|EX449714.1|EX449714
genomic: CCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|87020032|gb|CI277764.1|CI277764
genomic: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|88515956|gb|CI443610.1|CI443610
genomic: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|86496854|gb|CI139487.1|CI139487
genomic: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG GTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|86486868|gb|CI129501.1|CI129501
genomic: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|88849094|gb|CI087616.1|CI087616
genomic: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTGGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|89166526|gb|CI103812.1|CI103812
genomic: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: TGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|163923026|gb|EG712773.1|EG712773
genomic: TGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|86429591|gb|CI076272.1|CI076272
genomic: CTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|86482742|gb|CI125375.1|CI125375
genomic: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGTTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|13420871|gb|AU174961.1|AU174961
genomic: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|86488456|gb|CI131089.1|CI131089
genomic: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|88997507|gb|CI390173.1|CI390173
genomic: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: TGGTGGTGGCCTA-GTGTTCCTAGTGCACCC-ATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|89176589|gb|CI111305.1|CI111305
genomic: TGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|89178208|gb|CI391387.1|CI391387
genomic: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: GGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|86602877|gb|CI357241.1|CI357241
genomic: GGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGGEST: gi|88255912|gb|CI354736.1|CI354736
genomic: CAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
EST: AGTGGGCTCGGTGGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATG TTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
genomic: AGTGGGCTCGGT-GCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgatt ... atatttgcagTTCCACCAGAAGAGCTATATGCAACACAACTAGCTCAGCTCCAAGAAATGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCAATACTAACCTCAACAATCTGATGAGCATGTTCAGTGGGCTCGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCTAGTGCACCCAATGgtaagtgattttctctaaattttggagtgcaatactgcaagaaatagtcacattaatatttttttgaaattcttttcgagttggagtcggttggtttgccctcattaagcaatgccaatatttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG