1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
CCCTGGTGTTCCTGTTGGGTATATGATCCCACAGGTGCCGTATAATAATGCTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAGgttagtgattgctgctgctttactcttgtcttgtatatcactaaagcaaaccttttgaattcaatatcagcatttttatgcacatgttggtatgagctaa...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g57640.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAG CCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTCEST: gi|29664586|gb|CB660861.1|CB660861
genomic: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAGgttagtgatt ... aattttgcagCCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTC
EST: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAG CCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTCEST: gi|88954647|gb|CI720176.1|CI720176
genomic: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAGgttagtgatt ... aattttgcagCCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTC
EST: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAG CCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTCEST: gi|29682210|gb|CB678485.1|CB678485
genomic: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAGgttagtgatt ... aattttgcagCCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTC
EST: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAG CCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTCEST: gi|58689438|gb|CK078125.1|CK078125
genomic: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAGgttagtgatt ... aattttgcagCCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTC
EST: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACC--AA-AACAAG CCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTCEST: gi|88908938|gb|CI716663.1|CI716663
genomic: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAGgttagtgatt ... aattttgcagCCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTC
EST: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAG CCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTCEST: gi|89171724|gb|CI720783.1|CI720783
genomic: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAGgttagtgatt ... aattttgcagCCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTC
EST: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAG CCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTCEST: gi|89171464|gb|CI720523.1|CI720523
genomic: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAGgttagtgatt ... aattttgcagCCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTC
EST: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAG CCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTCEST: gi|88594576|gb|CI714534.1|CI714534
genomic: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAGgttagtgatt ... aattttgcagCCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTC
EST: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAG CCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTCEST: gi|88669112|gb|CI720069.1|CI720069
genomic: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAGgttagtgatt ... aattttgcagCCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTC
EST: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAG CCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTCEST: gi|88668291|gb|CI723030.1|CI723030
genomic: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAGgttagtgatt ... aattttgcagCCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTC
EST: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAG CCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTCEST: gi|29686277|gb|CB682552.1|CB682552
genomic: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAGgttagtgatt ... aattttgcagCCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTC
EST: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAG CCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTC
genomic: CTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAGgttagtgatt ... aattttgcagCCCAGTACACCTATGAGATCACCTGCTAACAATGATGCCCAAGATTCTCTC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CCCTGGTGTTCCTGTTGGGTATATGATCCCACAGGTGCCGTATAATAATGCTGTGAACTATGGACCTAATGGGTATGGAGGAAGGTACCAAAACAACAAGgttagtgattgctgctgctttactcttgtcttgtatatcactaaagcaaaccttttgaattcaatatcagcatttttatgcacatgttggtatgagctaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA