Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGGTGACATTATCAACATTGATGTTACTGTTTATCTCAATgtaagtcaaacatcaatgtgtagatcacccaaaactattacccttaattgctttgatactgcagtgcttcctttgctaacaacaataagggtgaagggaa...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g52420.3
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g52420.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA01G39200.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
GATGGTGACATTATCAACATTGATGTTACTGTTTATCTCAATgtaagtcaaacatcaatgtgtagatcacccaaaactattacccttaattgctttgatactgcagtgcttcctttgctaacaacaataagggtgaagggaa--
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||      |    | |  |       |       |    || |||  | ||     |  |   ||   | || |  || | |     ||      |  
GATGGTGATATAATCAACATTGATGTTACTGTTTATCTAAATgtaagtttttttttcccgaggcgggggatgatggtggctgattttgatt-ttgtgtggtggtgggaattgaatagccatgaa-atttcatttgctatatacc
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29657569|gb|CB653844.1|CB653844
EST:     GATGGTGACATTATCCACATTGATGTTACTGTTTATCTCAAT                         GGTTACCACGGTGATACATCTGCTACA
genomic: GATGGTGACATTATCAACATTGATGTTACTGTTTATCTCAATgtaagtcaaa ... ttggttccagGGTTACCACGGTGATACATCTGCTACA
EST: gi|38482500|gb|CF966534.1|CF966534
EST:     GGTGACATTATCAACATTGATGTTACTGTTTATCTCAAT                         GGTTACCACGGTGATACATCTGCT-C-TTTCTATGGGGTGATGTTGATGAC
genomic: GGTGACATTATCAACATTGATGTTACTGTTTATCTCAATgtaagtcaaa ... ttggttccagGGTTACCACGGTGATACATCTGCTACATTTCTATGTGGTAATGTTGATGAC
EST: gi|86494445|gb|CI137078.1|CI137078
EST:     GATGGTGACATTATCAACATTGATGTTACTGTTTATCTCAAT                         GGTTACCACGGTGATACATCTGCTACATTTCTATGTGGTAATGTTGATGAC
genomic: GATGGTGACATTATCAACATTGATGTTACTGTTTATCTCAATgtaagtcaaa ... ttggttccagGGTTACCACGGTGATACATCTGCTACATTTCTATGTGGTAATGTTGATGAC
EST: gi|29657570|gb|CB653845.1|CB653845
EST:     GATGGTGACATTATCAACATTGATGTTACTGTTTATCTCAAT                         GGTTACCACGGTGATACATCTGCTACATTTCTATGTGGTAATGTTGATGAC
genomic: GATGGTGACATTATCAACATTGATGTTACTGTTTATCTCAATgtaagtcaaa ... ttggttccagGGTTACCACGGTGATACATCTGCTACATTTCTATGTGGTAATGTTGATGAC