Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAATACTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatggtcaagtgggtatcgttgtgttctccttgttagcaatttgtgatctaatcttgtttctgcctaacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g12800.5
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g12800.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G029559_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
CCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAATACTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatggtcaagtgggtatcgttgtgttctccttgttagca-atttgtgatctaatcttgtt-tctgcctaacag
||| |||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||| |  | |||||| ||| | | ||||||| | || |||  ||| |||| |||||| ||| |||| | || ||||||| |  |   |  | ||   ||||    ||||  ||| || || |  | |||  |||||
CCATATTGAGCAGTGGATGGACTTTGCTGCGACAGAGGTTGATGCCAGCATTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattgccatgtgggtagcact---tctttctcaatagcttgattgtagtctcatattctcatttgctcaacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14192412|gb|AU184623.1|AU184623
EST:     AATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: AATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|58653541|gb|CK042221.1|CK042221
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|58691659|gb|CK080346.1|CK080346
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC