Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAATACTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatggtcaagtgggtatcgttgtgttctccttgttagcaatttgtgatctaatcttgtttctgcctaacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g12800.2
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g12800.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G029559_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
CCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAATACTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatggtcaagtgggtatcgttgtgttctccttgttagca-atttgtgatctaatcttgtt-tctgcctaacag
||| |||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||| |  | |||||| ||| | | ||||||| | || |||  ||| |||| |||||| ||| |||| | || ||||||| |  |   |  | ||   ||||    ||||  ||| || || |  | |||  |||||
CCATATTGAGCAGTGGATGGACTTTGCTGCGACAGAGGTTGATGCCAGCATTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattgccatgtgggtagcact---tctttctcaatagcttgattgtagtctcatattctcatttgctcaacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14192412|gb|AU184623.1|AU184623
EST:     AATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: AATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|58652699|gb|CK041379.1|CK041379
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|58663459|gb|CK052145.1|CK052145
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|58691659|gb|CK080346.1|CK080346
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|58663492|gb|CK052178.1|CK052178
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|14571342|gb|BI118710.1|BI118710
EST:     CTGGAAAATGGCTCTCCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|88991494|gb|CI034829.1|CI034829
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|58652610|gb|CK041290.1|CK041290
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|58599056|gb|CK009584.1|CK009584
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|33795619|gb|CF323679.1|CF323679
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTTGGGTGCCCTCAA
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATT-GGGTGCCCTCAA
EST: gi|33797146|gb|CF324438.1|CF324438
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         ACTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGGTGCCCTCAA
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGG-TGCCCTCAA
EST: gi|58656426|gb|CK045106.1|CK045106
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|29678878|gb|CB675153.1|CB675153
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 72 (downstream exon)
Score: 45

CCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAATACTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAACACACACCTTGCATCAAACACATACCTTGTTGGCCATTCAGTGACTCTTG




<











<


<