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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatctttcataaatatttaggatcattcttgattattttccagctcctagaattttgtgtttctttcaggttgatctttcatagacatttaggatcattcttgattattttaccagctccttgaatttcttgtttctttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g12800.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g12800.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G029559_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatctttcataaatatttaggatcattcttgattattttccagctcctagaattttgtgtttctttcaggttgatctttcatagacatttaggatcattcttgattattttaccagctccttgaatttcttgtttctttcag
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TTACTCGCTTGAAGGCTAACAACCCACTTTACGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtaatgttcaatatttcattcaaattaatttt-atatttcttgaatttttttgcttagatgtttctgtccgtttgaacct--gtgcttgtttcag-------------------------------------------------

upper sequence: LOC_Os02g12800.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G134582_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatctttcataaatat-ttaggatcattcttgattattttccagctcctagaatttt---gtgtttctttcaggttgatctttcatagacatttaggatcattcttgattattttaccagctccttgaatttcttgtttctttcag
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TTACTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatgttcaatatttttattaaaatcatttaatattttcttgcatgccattgtttgcttagatgtttctgtctgcttgaacctgcgcttgt-ttcag--------------------------------------------------

upper sequence: LOC_Os02g12800.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G029559_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
-----------------------------------------------TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatctttcataaatatttaggatcattcttgattattttccagctcctagaattttgtgtttctttcaggttgatctttcatagacatttaggatcattcttgattattttaccagctccttgaatttcttgtttctttcag
                                               ||||||||| |||| || |||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||| || ||  |||  |  ||   || | | || ||  || |  |  |  |    ||   ||||||| || | |||| | |   |     |||  |                                                 
GTTTGCATTTATTTGATTGAGCACCGAATTCTGTCATCTCCCTGAAGTTACTCGCTTGAAGGCTAACAACCCACTTTACGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtaatgttcaatatttcattcaaattaatttt-atatttcttgaatttttttgcttagatgtttctgtccgtttgaacct--gtgcttgtttcag-------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88389743|gb|CI626512.1|CI626512
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTA-T
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|88354432|gb|CI624822.1|CI624822
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTG
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTG
EST: gi|33656262|gb|CF278876.1|CF278876
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|58685364|gb|CK074051.1|CK074051
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|29678878|gb|CB675153.1|CB675153
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|88372777|gb|CI612705.1|CI612705
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCA
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCA
EST: gi|88314792|gb|CI608251.1|CI608251
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGC
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGC
EST: gi|58599056|gb|CK009584.1|CK009584
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|58663459|gb|CK052145.1|CK052145
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|58691659|gb|CK080346.1|CK080346
EST:     CCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|88356851|gb|CI619337.1|CI619337
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACT
EST: gi|88430785|gb|CI596899.1|CI596899
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAAACCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCACCCACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|58663492|gb|CK052178.1|CK052178
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|58656426|gb|CK045106.1|CK045106
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|88314623|gb|CI606691.1|CI606691
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGG
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGG
EST: gi|14571342|gb|BI118710.1|BI118710
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTCGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|88991494|gb|CI034829.1|CI034829
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|58607460|gb|CK035493.1|CK035493
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|88370462|gb|CI587852.1|CI587852
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCAGTGATTGAATAT                         GCCCAAATTGAGCAG
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAG
EST: gi|88412219|gb|CI573495.1|CI573495
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCA
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCA
EST: gi|88731450|gb|CI755063.1|CI755063
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|88363687|gb|CI609044.1|CI609044
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACC-ACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGGCACACAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|88423568|gb|CI579280.1|CI579280
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCA
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCA
EST: gi|58652610|gb|CK041290.1|CK041290
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|58652699|gb|CK041379.1|CK041379
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|88430286|gb|CI567305.1|CI567305
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGC-ACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|88362359|gb|CI606549.1|CI606549
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTT
EST: gi|58673852|gb|CK062538.1|CK062538
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|88392598|gb|CI625420.1|CI625420
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTT
EST: gi|33795619|gb|CF323679.1|CF323679
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|33797146|gb|CF324438.1|CF324438
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|88372833|gb|CI597136.1|CI597136
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|88422993|gb|CI615293.1|CI615293
EST:     GTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCAC
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCAC
EST: gi|33687433|gb|CF315672.1|CF315672
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|88362086|gb|CI607086.1|CI607086
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGAATTTTCAGCCACAGA
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGA
EST: gi|88391578|gb|CI600767.1|CI600767
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCA
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCA
EST: gi|58653428|gb|CK042108.1|CK042108
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|88314933|gb|CI609992.1|CI609992
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACA
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACA
EST: gi|58681115|gb|CK069802.1|CK069802
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAAT
EST: gi|88667046|gb|CI719182.1|CI719182
EST:     CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAGCAGTGGATTGACT
genomic: CTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATATgtgagtgatc ... tttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACT