1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
GTCGAATTTTGTGGTGGTCCTATGTGCTGGAGCACTCGTACGGTTTCAGCATCATCTGgtataatctttggtcaaacactgtagttgcaatgctttttttttccttatagaacactacagaattatttttaaggttttcctttctccttgaaaag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g07350.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TATGTGCTGGAGCACTCGTACGGTTTCAGCATCATCTG GTGGTGGTGCTTATTGTAATGGGCAAAAGATTCATGTCAGTAAGACAGACAEST: gi|55409778|gb|CV722154.1|CV722154
genomic: TATGTGCTGGAGCACTCGTACGGTTTCAGCATCATCTGgtataatctt ... ccttgaaaagGTGGTGGTGCTTATTGTAATGGGCAAAAGATTCATGTCAGTAAGACAGACA
EST: TTGTGGTGGTCCTATGTGCTGGAGCACTCGTACGGTTTCAGCATCATCTG GTGGTGGTGCTTATTGTAATGGGCAAAAGATTCATGTCAGTAAGACAGACAEST: gi|29661946|gb|CB658221.1|CB658221
genomic: TTGTGGTGGTCCTATGTGCTGGAGCACTCGTACGGTTTCAGCATCATCTGgtataatctt ... ccttgaaaagGTGGTGGTGCTTATTGTAATGGGCAAAAGATTCATGTCAGTAAGACAGACA
EST: TTGTGGTGGTCCTATGTGCTGGAGCACTCGTACGGTTTCAGCATCATCTG GTGGTGGTGCTTATTGTAATGGGCAAAAGATTCATGTCAGTAAGACAGACAEST: gi|29661947|gb|CB658222.1|CB658222
genomic: TTGTGGTGGTCCTATGTGCTGGAGCACTCGTACGGTTTCAGCATCATCTGgtataatctt ... ccttgaaaagGTGGTGGTGCTTATTGTAATGGGCAAAAGATTCATGTCAGTAAGACAGACA
EST: TTGTGGTGGTCCTATGTGCTGGAGCACTCGTACGGTTTCAGCATCATCTG GTGGTGGTGCTTATTGTAATGGGCAAAAGATTCATGTCAGTAAGACAGACAEST: gi|66924326|gb|CX111174.1|CX111174
genomic: TTGTGGTGGTCCTATGTGCTGGAGCACTCGTACGGTTTCAGCATCATCTGgtataatctt ... ccttgaaaagGTGGTGGTGCTTATTGTAATGGGCAAAAGATTCATGTCAGTAAGACAGACA
EST: TTGTGGTGGTCCTATGTGCTGGAGCACTCGTACGGTTTCAGCATCATCTG GTGGTGGTGCTTATTGTAATGGGCAAAAGATTCATGTCAGTAAGACAGACA
genomic: TTGTGGTGGTCCTATGTGCTGGAGCACTCGTACGGTTTCAGCATCATCTGgtataatctt ... ccttgaaaagGTGGTGGTGCTTATTGTAATGGGCAAAAGATTCATGTCAGTAAGACAGACA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTCGAATTTTGTGGTGGTCCTATGTGCTGGAGCACTCGTACGGTTTCAGCATCATCTGgtataatctttggtcaaacactgtagttgcaatgctttttttttccttatagaacactacagaattatttttaaggttttcctttctccttgaaaag
- - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - GGAGCA