Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGTGATGCGCTTGCATGTGCTgtaaggctattcaccaacttttctcccttgcatgtcccaatatacggaaaatcttgtgaactgattgtatttattttatatattag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g02750.2
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g02750.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G466281_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
GATGTGATGCGCTTGCATGTGCTgtaaggctattcaccaacttttctcccttgcatgtcccaatatacggaaaatcttgtgaactgattgtatttattttatatattag
|||||||||||||||| ||||||||||| | |     |||  ||| |   || || || | |  ||    ||    |||||| ||      |||| ||||||||| |||
GATGTGATGCGCTTGCGTGTGCTgtaagaccacctgtcaatattttttattt-caagtgcaatgattttcaagtcgttgtgagct-----cattttttttatatactag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|2431249|gb|C73669.1|C73669
EST:     CGGATGTGATGCGCTTGCATGTGCT                         TTTGAGGCCTTGGCTTTTGGAAGCACGGCAATGTGTGGAAAAGCTACCTTC
genomic: CGGATGTGATGCGCTTGCATGTGCTgtaaggctat ... tatatattagTTTGAGGCCTTGGCTTTTGGAAGCACGGCAATGTGTGGAAAAGCTACCTTC