Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCTGGTAACTCAGTAGCTGCTATCAACTTGATCAGATTGTCCAGTATATTTGATGCAGCAAAATCCGATGGTTACAAATGCAATGTTGAGCATCTCCTGgtatgtgattatttcatgtttctctatccatctgtagtgtgctttgatatcataactgtttacactttgtattaatgtaaaacaaattgtggctgtgtac...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g70950.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58608287|gb|CK036320.1|CK036320
EST:     TTGATGCAGCAAAATCCGATGGTTACAAATGCAATGTTGAGCATCTCCTG                         GCTGTCATCCAGACGAGGCTGAGGGAACTTGGTATAGCACTGC
genomic: TTGATGCAGCAAAATCCGATGGTTACAAATGCAATGTTGAGCATCTCCTGgtatgtgatt ... tgtttcgtagGCTGTCTTCCAGACGAGGCTGAGGGAACTTGGTATAGCACTGC
EST: gi|218500544|gb|FG964041.1|FG964041
EST:     TTGATGCAGCAAAATCCGATGGTTACAAATGCAATGTTGAGCATCTCCTG                         GCTGTCTTCCAGACGAGGCTGAGGGAACTTGGTATAGCACTGCCGTTGATG
genomic: TTGATGCAGCAAAATCCGATGGTTACAAATGCAATGTTGAGCATCTCCTGgtatgtgatt ... tgtttcgtagGCTGTCTTCCAGACGAGGCTGAGGGAACTTGGTATAGCACTGCCGTTGATG
EST: gi|25804324|gb|CA760285.1|CA760285
EST:     NTGATGCAGCAAAATCCGATGGTTACAAATGCAATGTTGAGCATCTCCTG                         GCTGTCATCCAGACGAGGCTGAGGGAACTTGGTATAGCACTGCCGTTGATG
genomic: TTGATGCAGCAAAATCCGATGGTTACAAATGCAATGTTGAGCATCTCCTGgtatgtgatt ... tgtttcgtagGCTGTCTTCCAGACGAGGCTGAGGGAACTTGGTATAGCACTGCCGTTGATG
EST: gi|58690494|gb|CK079181.1|CK079181
EST:     TTGATGCAGCAAAATCCGATGGTTACAAATGCAATGTTGAGCATCTCCTG                         GCTGTCATCCAGACGAGGCTGAGGGAACTTGGTATAGCACTGCCGTTGATG
genomic: TTGATGCAGCAAAATCCGATGGTTACAAATGCAATGTTGAGCATCTCCTGgtatgtgatt ... tgtttcgtagGCTGTCTTCCAGACGAGGCTGAGGGAACTTGGTATAGCACTGCCGTTGATG