Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACACTAGAGAGTGATCTTTCTCAGCTTCGTGACAAGGGTATTGATGCACGGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatcttcatttagttatacgagttaaaccatcaacttttaatatttaactgtgcagatcgctatttttaagttgtttgatttcattatttctgaatttaataacatgttatatccatgctgaagtttaagtcttaaaaatgcacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g60190.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g60190.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G003385_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
GACACTAGAGAGTGATCTTTCTCAGCTTCGTGACAAGGGTATTGATGCACGGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatcttcatttagttatacgagttaaaccatcaacttttaatatttaactgtgcagatcgctatttttaagttgtttgatttcattatttctgaatttaataacatgttatatccatgctgaagtttaagtcttaaaaatgcacag
||| ||||||| ||||||||   ||||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||   ||| | | ||        || || |||||   || | | | || |      | |  |  ||||   |||||    ||| ||   |||                                                       
GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTCGAGGCAAGGGTATTGATGCACAGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgtttcttgtcgt-------attcaagcatcagtgttcattgtctagcaacttggcttacagtttt---gttgt---gtttaataccttccag----------------------------------------------------

upper sequence: LOC_Os01g60190.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G053420_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
GACACTAGAGAGTGATCTTTCTCAGCTTCGTGACAAGGGTATTGATGCACGGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatcttcatttagttatacgagttaaaccatcaacttttaatatttaactgtgcagatcgctatttttaagttgtttgatttcattatttctgaatttaataacatgttatatccatgctgaagtttaagtcttaaaaatgcacag
||| ||||||| ||||||||   ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||   ||| | | ||        || || ||| |   || | | | || |      | |  |  ||||   |||||    ||| ||   ||||  | | | |   ||||  |    |  |     |   |  ||||           
GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTCGAGGCAAGGGTATTGATGCACAGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgtttcttgtcgt-------attcaagcattagtgttcattgtctagcatcttggcttacagtttt---gttgt---gtttaataccttctagaatgactgggatgtggt---taaacgtggctgggatgcttag----------

upper sequence: LOC_Os01g60190.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
GACACTAGAGAGTGATCTTTCTCAGCTTCGTGACAAGGGTATTGATGCACGGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatcttcatttagttatacgagttaaaccatcaacttttaatatttaactgtgcagatcgctatttttaagttgtttgatttcattatttctgaatttaataacatgttatatccatgctgaagtttaagtcttaaaaatgcacag
||| ||||||| ||||||||   ||||| | |  |||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||  |||  |            ||| || |||||   || | | | |  |      | |  | | |||||  |||||| || ||    || | |                                                     
GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTAGAGCGAAGGGTGTTGATGCACAAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactttttccc---------gttcaagcatcagtgttcactgtctggcaccttggcttac-agttttattttgtttaatatc----ttccag-----------------------------------------------------

upper sequence: LOC_Os01g60190.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G146778_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 8
GACACTAGAGAGTGATCTTTCTCAGCTTCGTGACAAGGGTATTGATGCACGGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatcttcatttagttatacgagttaaaccatcaacttttaatatttaactgtgcagatcgctatttttaagttgtttgatttcattatttctgaatttaataacatgttatatccatgctgaagtttaagtcttaaaaatgcacag
||| ||||||| ||||||||   ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||   ||| | | ||        || || |||||   || | | | || |      | |  |  ||||   |||||    ||| ||   |||                                                       
GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTCGAGGCAAGGGTATTGATGCACAGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgtttcttgtcgt-------attcaagcatcagtgttcattgtctagcatcttggcttacagtttt---gttgt---gtttaataccttccag----------------------------------------------------

upper sequence: LOC_Os01g60190.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GACACTAGAGAGTGATCTTTCTCAGCTTCGTGACAAGGGTATTGATGCACGGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatcttcatttagttatacgagttaaaccatcaacttttaatatttaactgtgcagatcgctatttttaagttgtttgatttcattatttctgaatttaataacatgttatatccatgctgaagtttaagtcttaaaaatgcacag
 || || |||| ||||||| |  |  | || || || ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||  | |||||||| || ||||| || |||||||||  || || |  ||  |       | |  ||||  ||     |||   || | | |||   |||||      | || |||  ||||  ||     ||  |    |  || | |                                   
AACTCTTGAGAATGATCTTGCAAAATTACGGGAGAAAGGTGTTGATGCACAGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgattttgacataactg-----ataattccatggaccacagataagaaatttt-caggaggctat------gatgattgtgttcagcat-----aacatgggtatgtgctttga---------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87022629|gb|CI293519.1|CI293519
EST:     GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|58694638|gb|CK083325.1|CK083325
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|58693447|gb|CK082134.1|CK082134
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|58690401|gb|CK079088.1|CK079088
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|58687704|gb|CK076391.1|CK076391
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGT
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGT
EST: gi|29616024|gb|CB621036.1|CB621036
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|29614142|gb|CB619155.1|CB619155
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAACGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCC
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCC
EST: gi|2309704|gb|C25859.1|C25859
EST:     GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATNACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|29687802|gb|CB684077.1|CB684077
EST:     GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|29636841|gb|CB641850.1|CB641850
EST:     GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|58677212|gb|CK065899.1|CK065899
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|58674042|gb|CK062728.1|CK062728
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|58695777|gb|CK084464.1|CK084464
EST:     ATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGA-CGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: ATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|38473067|gb|CF957199.1|CF957199
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|33794552|gb|CF323163.1|CF323163
EST:     GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|29679426|gb|CB675701.1|CB675701
EST:     GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|58690635|gb|CK079322.1|CK079322
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GACACTAGAGAGTGATCTTTCTCAGCTTCGTGACAAGGGTATTGATGCACGGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatcttcatttagttatacgagttaaaccatcaacttttaatatttaactgtgcagatcgctatttttaagttgtttgatttcattatttctgaatttaataacatgttatatccatgctgaagtttaagtcttaaaaatgcacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA