Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGGTGAGTTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatgctcaacttcaagcagaagatattttggaatctttagtacgatagctattgttccatgcttttggtattctctctgcttaatcaaatagta...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g27520.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g27520.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G083836_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
GTTGGTGAGTTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcg--atgctcaacttcaagcagaagatattt--tggaatctttagtacgatagctattgttccatgcttttggtattctctctgcttaatcaaatagta
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  | ||  |||| |||   ||||||| |  ||||| ||||| |||    | | ||||  |    | | |  |   | ||   |      |  | | ||| |   | | ||  |    |   |   
GTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgctatgctgaacttaaaggttgaaacatttgtttttttatcttatctaacagtattccacttaaacctgtggaaacatat-tgtattgctactca---

upper sequence: LOC_Os01g27520.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G083836_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
-----------------------------------------GTTGGTGAGTTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcg--atgctcaacttcaagcagaagatattt--tggaatctttagtacgatagctattgttccatgcttttggtattctctctgcttaatcaaatagta
                                         |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  | ||  |||| |||   ||||||| |  ||||| ||||| |||    | | ||||  |    | | |  |   | ||   |      |  | | ||| |   | | ||  |    |   |   
TATGTTTATAATCATTTTTGTGCTGGAATGTTTATTTCAAGGTTGGTGAATTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgctatgctgaacttaaaggttgaaacatttgtttttttatcttatctaacagtattccacttaaacctgtggaaacatat-tgtattgctactca---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88836360|gb|CI078257.1|CI078257
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTCGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|88503370|gb|CI430876.1|CI430876
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|87020011|gb|CI299409.1|CI299409
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|66912938|gb|CX099786.1|CX099786
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|58689667|gb|CK078354.1|CK078354
EST:     TCTGGACCTTCTCAATACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|58683506|gb|CK072193.1|CK072193
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACATGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|29630322|gb|CB635331.1|CB635331
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|29620154|gb|CB625166.1|CB625166
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|88265509|gb|CI376411.1|CI376411
EST:     TCTGGACCTTTGTCAAAACAA-                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAAT-GTACTTGGACCT
genomic: TCTGGACC-TTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|88515783|gb|CI443437.1|CI443437
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACNTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATNGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|5003638|gb|AU068787.1|AU068787
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|89198769|gb|CI003506.1|CI003506
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGCACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|86873369|gb|CI341594.1|CI341594
EST:     TTGGTTGGT-GAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GAAACAAGACCCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAAT-GTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|88452819|gb|CI532451.1|CI532451
EST:     TTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|58655720|gb|CK044400.1|CK044400
EST:     GGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: GGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|88250420|gb|CI348650.1|CI348650
EST:     GGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: GGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|29614514|gb|CB619527.1|CB619527
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|58688377|gb|CK077064.1|CK077064
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTGGTGAGTTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatgctcaacttcaagcagaagatattttggaatctttagtacgatagctattgttccatgcttttggtattctctctgcttaatcaaatagta

- - - - - - - TGGTGG
- - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA