1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GCACTGAGGAAGGAACCTTTGACTGTCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGAGCTTTCAATATGTCTCTGATTTGgtgggtatatctataacatgatgagacacctgaacaatatcaatgacctgatatctgcctgttaccttatttgcatacattccctgagcatataattgtg...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g21320.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGAGCTTTCAATATGTCTCTGATTTG GTGGAAGGGTTGATGAGCTTGATGGAAGGGGAGCACATAGGACCATTTAACEST: gi|325494543|gb|JG459067.1|JG459067
genomic: TCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGAGCTTTCAATATGTCTCTGATTTGgtgggtatat ... attctttcagGTGGAAGGGTTGATGAGCTTGATGGAAGGGGAGCACATAGGACCATTTAAC
EST: TATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGAGCTTTCAATATGTCTCTGATTTG GTGGAAGGGTTGATGAGCTTGATGGAAGGGGAGCACATAGGACCATTEST: gi|89194437|gb|CI116874.1|CI116874
genomic: TATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGAGCTTTCAATATGTCTCTGATTTGgtgggtatat ... attctttcagGTGGAAGGGTTGATGAGCTTGATGGAAGGGGAGCACATAGGACCATT
EST: CTTTCAATATGTCTCTGATTTG GTGGAAGGGTTGATGAGCTTGATGGAAGGGGAGCACATAGGACCATTTAACEST: gi|29656946|gb|CB653221.1|CB653221
genomic: CTTTCAATATGTCTCTGATTTGgtgggtatat ... attctttcagGTGGAAGGGTTGATGAGCTTGATGGAAGGGGAGCACATAGGACCATTTAAC
EST: TCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGAGCTTTCAATATGTCTCTGATTTG GTGGAAGGGTTGATGAGCTTGATGGAAGGGGAGCACATAGGACCATTTAACEST: gi|29678441|gb|CB674716.1|CB674716
genomic: TCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGAGCTTTCAATATGTCTCTGATTTGgtgggtatat ... attctttcagGTGGAAGGGTTGATGAGCTTGATGGAAGGGGAGCACATAGGACCATTTAAC
EST: TCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGAGCTTTCAATATGTCTCTGATTTG GTGGAAGGGTTGATGAGCTTGATGGAAGGGGAGCACATAGGACCATTTAACEST: gi|218501175|gb|FG967087.1|FG967087
genomic: TCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGAGCTTTCAATATGTCTCTGATTTGgtgggtatat ... attctttcagGTGGAAGGGTTGATGAGCTTGATGGAAGGGGAGCACATAGGACCATTTAAC
EST: GGAGCTTTCAATATGTCTCTGATTTG GTGGAAGGGTTGATGAGCTTGATGGAAGGGGAGCACATAGGACCATTTAACEST: gi|29688726|gb|CB685001.1|CB685001
genomic: GGAGCTTTCAATATGTCTCTGATTTGgtgggtatat ... attctttcagGTGGAAGGGTTGATGAGCTTGATGGAAGGGGAGCACATAGGACCATTTAAC
EST: AGCTTTCAATATGTCTTTGATTTG GTGGAAGGGTTGATGAGCTTGATGGAAGGGGAGCACATAGGACCATTTAACEST: gi|86493952|gb|CI136585.1|CI136585
genomic: AGCTTTCAATATGTCTCTGATTTGgtgggtatat ... attctttcagGTGGAAGGGTTGATGAGCTTGATGGAAGGGGAGCACATAGGACCATTTAAC
EST: TCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGAGCTTTCAATATGTCTCTGATTTG GTGGAAGGGTTGATGAGCTTGATGGAAGGGGAGCACATAGGACCATTTAACEST: gi|29656945|gb|CB653220.1|CB653220
genomic: TCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGAGCTTTCAATATGTCTCTGATTTGgtgggtatat ... attctttcagGTGGAAGGGTTGATGAGCTTGATGGAAGGGGAGCACATAGGACCATTTAAC
EST: TCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGAGCTTTCAATATGTCTCTGATTTG GTGGAAGGGTTGATGAGCTTGATGGAAGGGGAGCACATAGGAEST: gi|29670681|gb|CB666956.1|CB666956
genomic: TCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGAGCTTTCAATATGTCTCTGATTTGgtgggtatat ... attctttcagGTGGAAGGGTTGATGAGCTTGATGGAAGGGGAGCACATAGGA
EST: TCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGAGCTTTCAATATGTCTCTGATTTG GTGGAAGGGTTGATGAGCTTGATGGAAGGGGAGCACATAGGACCATTTAAC
genomic: TCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGAGCTTTCAATATGTCTCTGATTTGgtgggtatat ... attctttcagGTGGAAGGGTTGATGAGCTTGATGGAAGGGGAGCACATAGGACCATTTAAC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCACTGAGGAAGGAACCTTTGACTGTCTATGGTGATGGCAAGCAGACTAGGAGCTTTCAATATGTCTCTGATTTGgtgggtatatctataacatgatgagacacctgaacaatatcaatgacctgatatctgcctgttaccttatttgcatacattccctgagcatataattgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT