Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGCAAATTTGGAGCTACATGTAAATATCATCACCCCCGAGAGTTGAGTGCACCTAAATCAGGCTATATGGTCAACTCCCTTTGTCTTCCACTTCGTCCGgtgagtaccctgaaacctctaatacgtaccgtagcatcaatgtccttgggagtggggttgaacttccatagtcctaatgtccatgttttttctttttttt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g15460.3
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116875554|gb|EC366062.1|EC366062
EST:     CACCTAAATCAGGCTATATGGTCAACTCCCTTTGTCTTCCACTTCGTCCG                         GGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGA
genomic: CACCTAAATCAGGCTATATGGTCAACTCCCTTTGTCTTCCACTTCGTCCGgtgagtaccc ... caacttgcagGGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGA
EST: gi|116874997|gb|EC365505.1|EC365505
EST:     CACCTAAATCAGGCTATATGGTCAACTCCCTTTGTCTTCCACTTCGTCCG                         GGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGA
genomic: CACCTAAATCAGGCTATATGGTCAACTCCCTTTGTCTTCCACTTCGTCCGgtgagtaccc ... caacttgcagGGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGA
EST: gi|33680921|gb|CF309160.1|CF309160
EST:     CACCTAAATCAGGCTATATGGTCAACTCCCTTTGTCTTCCACTTCGTCCG                         GGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGA
genomic: CACCTAAATCAGGCTATATGGTCAACTCCCTTTGTCTTCCACTTCGTCCGgtgagtaccc ... caacttgcagGGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGA
EST: gi|58674428|gb|CK063114.1|CK063114
EST:     CACCTAAATCAGGCTATATGGTCAACTCCCTTTGTCTTCCACTTCGTCCG                         GGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGA
genomic: CACCTAAATCAGGCTATATGGTCAACTCCCTTTGTCTTCCACTTCGTCCGgtgagtaccc ... caacttgcagGGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGA