Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGAAGATATGAGTGCTGTACTTTCTATGCAGCTGCATAAGAGTGTCGGACTTGGAATGACTGCAAACATGCATCTGACTAGCATGCATGTTGAGGGAAAGgcaagttctacgtttttaaggggatgcaatttatctacttagcttcattattctgtcactaacaagatcaacttaacatactattagaaataatcaactt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g14050.2
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g14050.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G144403_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
TGAAGATATGAGTGCTGTACTTTCTATGCAGCTGCATAAGAGTGTCGGACTTGGAATGACTGCAAACATGCATCTGACTAGCATGCATGTTGAGGGAAAGgcaagtt--ctacgtttttaaggggat-gcaatttatctacttagctt-cattattctgtcactaacaagat-caa---cttaacatactattagaaataatcaactt
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||  |||     | ||     | ||||||    || | | |||     ||    |    ||     | |||   |  |||  ||| |||  || |        
TGAAGATATGAGTGCTGTACTTGCTATGCAGCTGCACAAGAGTGTGGGACTTGGAATGACTGCAAAGATGCATTTAACAAGCATGCATGTCGAGGGAAAGgcaagttgactagtaactgaaccactttgcaattagagtaataaacttgtgacatatcatagaaaatgcattgcaaataccaaacccactcttaagaaga--------