Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAGGGCTTGAAGGTCATTGCATGTGTTGGTGAGACTCTCGAGCAGCGGGAATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacctctacttttggtctttttgactctgttgaattccttatccatttgtgtactcgtttgatctaaatggtttgctgttcgcctatatgttca...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g05490.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g05490.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G018177_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
CAGGGCTTGAAGGTCATTGCATGTGTTGGTGAGACTCTCGAGCAGCGGGAATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacctctacttttggtctttt----tgac-tctgttgaattcct-tatccatttgtg--tactcgtttgatctaaatggtttgctgttcgcctatatgttca
|||||  | |||||||||||||||||||||||||| || ||| || ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |  ||| ||| ||   ||   |    |||| | ||| |  |   | || || ||  ||  || |  ||| ||   ||||    | || |  | |         
CAGGGACTAAAGGTCATTGCATGTGTTGGTGAGACCCTTGAGGAGAGGGAGGCTGGTTCAACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTGCTGgtacttttcctttacattccctccagtgacatgacatgtgtagtctctttctagcccttcatggttagttttttaatggtaatgaagagttgctgccttg--------

upper sequence: LOC_Os01g05490.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G030784_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
CAGGGCTTGAAGGTCATTGCATGTGTTGGTGAGACTCTCGAGCAGCGGGAATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacctctacttttggtctttttgactctgttgaattccttatccatttgtgtactcgtttgatctaaatggtttgctgttcgcctatatgttca-----
|||||  | |||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  | | |||| |  |||   | || | ||| |   || || || ||     |  | ||| | | |   |  | || |  | |   |  || | |     
CAGGGACTAAAGGTCATTGCATGTGTTGGTGAGACCCTTGAGCAGAGGGAGGCTGGGTCTACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTGCTGgtacctttcatttactctcagtccagt-gattgtgtag---tctttgtctatgctcttcattgttagttttttttcttatgataat-gaagagttgctgattgat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9884572|gb|BE607405.1|BE607405
EST:     ATCTGGATCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATT-CTG                         AAAGGATCAAGGAT
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGAT
EST: gi|425824|gb|D22502.1|D22502
EST:     ATCTGGTTCGACCATNGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTTGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|88844369|gb|CI005742.1|CI005742
EST:     ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|396941354|gb|HO188563.1|HO188563
EST:     ATCTGGATCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|33807203|gb|CF329482.1|CF329482
EST:     ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTA-TGTGGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGG-TTGTTGCCTATGAACCTGTGTGG
EST: gi|55442462|gb|CV734549.1|CV734549
EST:     GATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTGCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: GATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|396941501|gb|HO188710.1|HO188710
EST:     ATCTGGATCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|11233261|gb|AU164703.1|AU164703
EST:     ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|33807205|gb|CF329483.1|CF329483
EST:     GACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: GACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|9348994|gb|AU097704.1|AU097704
EST:     CTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCCACNANACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTNCCTATGACCCTGTGTGG
genomic: CTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTG-CAC-AAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGAT-CAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGG
EST: gi|14981165|gb|BI305843.1|BI305843
EST:     ATCTGGATCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTGCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|27577728|gb|CB000423.1|CB000423
EST:     ATCTGGATCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTGCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|218483167|gb|FG943231.1|FG943231
EST:     ATCTGGATCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|11173127|gb|AU164626.1|AU164626
EST:     ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|33685619|gb|CF313858.1|CF313858
EST:     ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|4715957|gb|AU057073.1|AU057073
EST:     ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAG-ATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|27578369|gb|CB001064.1|CB001064
EST:     ATTTGCATCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTGCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|86252587|gb|CI003923.1|CI003923
EST:     GACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCGATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: GACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|300215888|gb|HO088514.1|HO088514
EST:     ATCTGGATCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|27578353|gb|CB001048.1|CB001048
EST:     ATCTGGATCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTGCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|88843789|gb|CI011047.1|CI011047
EST:     CTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: CTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|58691396|gb|CK080083.1|CK080083
EST:     ATCTGGATCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACCAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|33666017|gb|CF296984.1|CF296984
EST:     AAACAAAAGCAATTTTTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: AAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|33687307|gb|CF315546.1|CF315546
EST:     ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAAT
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAAT
EST: gi|427034|gb|D23110.1|D23110
EST:     ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|66922499|gb|CX109347.1|CX109347
EST:     ATCTGGATCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|58686470|gb|CK075157.1|CK075157
EST:     ATCTGGATCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCCAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTG
EST: gi|38480889|gb|CF964978.1|CF964978
EST:     ATCTGGATCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|163929017|gb|EG709795.1|EG709795
EST:     ATCTGGATCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGGTTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGG
EST: gi|58676943|gb|CK065630.1|CK065630
EST:     ATCTGGATCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|86521913|gb|CI162119.1|CI162119
EST:     CTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: CTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|319908632|gb|HS977760.1|HS977760
EST:     ATCTGGATCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTGCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|33692822|gb|CF321061.1|CF321061
EST:     ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAGTTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|33663593|gb|CF294560.1|CF294560
EST:     ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|88841370|gb|CI005450.1|CI005450
EST:     GATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: GATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|2443014|gb|C74785.1|C74785
EST:     ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCNATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGACCCTG-GTNGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|38473212|gb|CF957344.1|CF957344
EST:     ATCTGGATCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|163921200|gb|EG714125.1|EG714125
EST:     ATCTGGATCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|218498238|gb|FG970096.1|FG970096
EST:     ATCTGGATCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|33691197|gb|CF319436.1|CF319436
EST:     ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|33662374|gb|CF293341.1|CF293341
EST:     ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|33692821|gb|CF321060.1|CF321060
EST:     ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAGTTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|218478150|gb|FG948857.1|FG948857
EST:     TGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: TGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|313081048|gb|HO213634.1|HO213634
EST:     ATCTGGATCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTGCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: ATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
EST: gi|88991556|gb|CI019734.1|CI019734
EST:     GACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCGATTTCTG                         AAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG
genomic: GACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacc ... tgttttacagAAAGGATCAAGGATTGGACTAATGTGGTTGTTGCCTATGAACCTGTGTGGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAGGGCTTGAAGGTCATTGCATGTGTTGGTGAGACTCTCGAGCAGCGGGAATCTGGTTCGACCATGGATGTTGTTGCTGCACAAACAAAAGCAATTTCTGgtatctaacctctacttttggtctttttgactctgttgaattccttatccatttgtgtactcgtttgatctaaatggtttgctgttcgcctatatgttca

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA