Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CACAGAGCTACTACTTTGGCTCTTAGATGAAAGGGTTCCTCTTATGGATGATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTGgtttgtatcttcattttcatgctcagtttagttgctacttgttcttttctaatggtcatacttggagcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g60040.1
intron # 44
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 44
lower sequence: GRMZM2G009849_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 27
CACAGAGCTACTACTTTGGCTCTTAGATGAAAGGGTTCCTCTTATGGATGATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTGgtttgtat-cttcattttcatgctcagtttagttgctacttgttcttt-tctaatggtcatacttggagcag
 || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |  |   ||| |||||||||||  |||  |  ||| |||| |||| | |||||||  |  ||  | |||
TACGGAGTTACTTCTTTGGCTCTTAGATGAAAGGGTTCCTCTTATGGATGATGGCAGCCAATTACTCAAAGCACTAAATGTTTTGATGCTTAAAATCCTGgtatccaaatttctttttcatgctccctttgct--ctagttgtgctttctttaatggttctgttttaaacag

upper sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 44
lower sequence: GRMZM2G068755_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 45
CACAGAGCTACTACTTTGGCTCTTAGATGAAAGGGTTCCTCTTATGGATGATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTGgtttgtat-cttcattttcatgctcagtttagttgctacttgttcttt-tctaatggtcatacttggagcag
 || ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||   ||| |||||||||||   || | | |||| ||| |||| | |||||||  |  ||  | |||
TACGGAGTTACTTCTTTGGCTTTTAGATGAAAGGGTTCCTCTTATGGATGATGGCAGCCAATTACTCAAAGCACTAAATGTTTTGATGCTTAAAATCTTGgtatgtaaatttctttttcatgctcttgtttgct-ctacctgtgctttctttaatggttctgttttaaacag

upper sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 44
lower sequence: GLYMA20G32430.1 (Glycine max), 5'ss of exon 46
CACAGAGCTACTACTTTGGCTCTTAGATGAAAGGGTTCCTCTTATGGATGATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTGgtttgta--tcttcattttcatgctcagtttagttgctacttgttct---tttc---taatggtcatacttggagcag-------------------------------------------------------
 || ||||| || || |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||  |  | |||||| ||||||| ||||||||||| || |||||| | |  ||||  | | |   | |  | || || ||  |          |||    | | | || |  | |   |                                                        
TACTGAGCTTCTTCTGTGGCTCTTGGATGATAGGGTTCCTCATATGGATGATGGAAGCCAATTGTTGAAAGCTTTAAATGTGTTGATGCTTAAGATTTTGgttaggaagtctttctctgccctccccctctattttctgttgaactgaaacttcaggcatttggcagatgtaggataatatggagaaaaacattatgatgcagctatttagtaactagtgtttgtcaatacag

upper sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 44
lower sequence: GLYMA10G35140.1 (Glycine max), 5'ss of exon 47
CACAGAGCTACTACTTTGGCTCTTAGATGAAAGGGTTCCTCTTATGGATGATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTGgtt------------tgtatcttcattttcatgct-cag---tttagttgctacttgttctttt-ctaatggtcatacttggagcag-------------------------------
 || ||||| || || |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||  |  | |||||| ||||||| ||||||||||| ||  |||||            ||| |||   |   | | || |||   || ||  | |    |||  | | || | |  ||| |  || ||||                               
TACTGAGCTTCTTCTGTGGCTCTTGGATGATAGGGTTCCTCATATGGATGATGGAAGCCAATTGTTGAAAGCTTTAAATGTATTGATGCTTAAGATTCTGgttaggaactctgtctgtgtctctctccccctccttcaggcattcagcagatgtcagtttatatgctgaagaacattcc-ggtgcagctattttagtaactagtgtttgtcaatacag

upper sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 44
lower sequence: AT2G35630.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 46
CACAGAGCTACTACTTTGGCTCTTAGATGAAAGGGTTCCTCTTATGGATGATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTGgtttgtatcttcattttcatgctcagtttagttgctacttgttcttttctaatggtcatacttggagcag---------------------------
 ||||||||  | ||||||||  | |||||||| ||||| |  ||||| ||||| ||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||  | || ||| ||  |||||| |   |  |    |  |||   | |  | |  ||  ||||  |  |                            
AACAGAGCTCTTGCTTTGGCTTCTGGATGAAAGAGTTCCACGCATGGAAGATGGGAGTCAACTTCTTAAAGCTCTGAATGTTTTGATGCTTAAGATCCTGgtcag-atattcgttc-catgctaaaggttttcatcatatgtggctatgaagttctctgacttc-attatttttatttcttgttttatttaattcag

upper sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 44
lower sequence: Vv00s0652g00030.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
CACAGAGCTACTACTTTGGCTCTTAGATGAAAGGGTTCCTCTTATGGATGATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTGgtttgtatcttcattttcatgctcagtttagttgctacttgttcttttctaatggtca--tacttggagcag----------------
||| |||||  | |||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||| || || || || |||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||    ||| | |   ||||   |  || ||||    ||  |  | |||  |        | |  ||  ||                
CACTGAGCTTTTGCTTTGGCTTTTGGATGAAAGGGTTCCTCATATGGATGATGGCAGCCAACTTCTGAAAGCTCTGAATGTTTTGATGCTTAAGATCCTGgttaagttctacttcaacatgtataaatttgttgtattttcatagtatctgttctctcgccattctgactagtggcttacaaatgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58612256|gb|CK039968.1|CK039968
EST:     ATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTG                         GATAATGCTGAGAGAACATCCTCATTCGTTGTGCTTATTAATTTGCTGAGG
genomic: ATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTGgtttgtatct ... cttggagcagGATAATGCTGAGAGAACATCCTCATTCGTTGTGCTTATTAATTTGCTGAGG
EST: gi|33679052|gb|CF307291.1|CF307291
EST:     ATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTG                         GATAATGCTGAGAGAACATCCTCATTCGTTGTGCTTATTAATTTGCTGAGG
genomic: ATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTGgtttgtatct ... cttggagcagGATAATGCTGAGAGAACATCCTCATTCGTTGTGCTTATTAATTTGCTGAGG
EST: gi|300216015|gb|HO088641.1|HO088641
EST:     ATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTG                         GATAATGCTGAGAGAACATCCTCATTCGTTGTGCTTATTAATTTGCTGAGG
genomic: ATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTGgtttgtatct ... cttggagcagGATAATGCTGAGAGAACATCCTCATTCGTTGTGCTTATTAATTTGCTGAGG
EST: gi|58673525|gb|CK062211.1|CK062211
EST:     ATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTG                         GATAATGCTGAGAGAACATCCTCATTCGTTGTGCTTATTAATTTGCTGAGG
genomic: ATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTGgtttgtatct ... cttggagcagGATAATGCTGAGAGAACATCCTCATTCGTTGTGCTTATTAATTTGCTGAGG
EST: gi|88571710|gb|CI663083.1|CI663083
EST:     ATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTG                         GATAATGCTGAGAGAACATCCTCATTCGTTGTGCTTATTAATTTGCTGAGG
genomic: ATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTGgtttgtatct ... cttggagcagGATAATGCTGAGAGAACATCCTCATTCGTTGTGCTTATTAATTTGCTGAGG
EST: gi|163921634|gb|EG714160.1|EG714160
EST:     ATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTG                         GATAATGCTGAGAGAACATCCTCATTCGTTGTGCTTATTAATTTGCTGAGG
genomic: ATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTGgtttgtatct ... cttggagcagGATAATGCTGAGAGAACATCCTCATTCGTTGTGCTTATTAATTTGCTGAGG
EST: gi|58587630|gb|CF985938.1|CF985938
EST:     ATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTG                         GATAATGCTGAGAGAACATCCTCATTCGTTGTGCTTATTAATTTGCTGAGG
genomic: ATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTGgtttgtatct ... cttggagcagGATAATGCTGAGAGAACATCCTCATTCGTTGTGCTTATTAATTTGCTGAGG
EST: gi|29680245|gb|CB676520.1|CB676520
EST:     ATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTG                         GATAATGCTGAGAGAACATCCTCATTCGTTGTGCTTATTAATTTGCTGAGG
genomic: ATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTGgtttgtatct ... cttggagcagGATAATGCTGAGAGAACATCCTCATTCGTTGTGCTTATTAATTTGCTGAGG
EST: gi|58667817|gb|CK056503.1|CK056503
EST:     ATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTG                         GATAATGCTGAGAGAACATCCTCATTCGTTGTGCTTATTAATTTGCTGAGG
genomic: ATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTGgtttgtatct ... cttggagcagGATAATGCTGAGAGAACATCCTCATTCGTTGTGCTTATTAATTTGCTGAGG
EST: gi|58673773|gb|CK062459.1|CK062459
EST:     ATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTG                         GATAATGCTGAGAGAACATCCTCATTCGTTGTGCTTATTAATTTGCTGAGG
genomic: ATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTGgtttgtatct ... cttggagcagGATAATGCTGAGAGAACATCCTCATTCGTTGTGCTTATTAATTTGCTGAGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 64 (downstream exon)
Score: 28

CACAGAGCTACTACTTTGGCTCTTAGATGAAAGGGTTCCTCTTATGGATGATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTGgtttgtatct ... cttggagcagGATAATGCTGAGAGAACATCCTCATTCGTTGTGCTTATTAATTTGCTGAGGCCTTTAGACCCTTCAAGATGGCCATCCCCTACACCACCAGAGTCCCTCG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CACAGAGCTACTACTTTGGCTCTTAGATGAAAGGGTTCCTCTTATGGATGATGGAAGTCAGCTACTCAAAGCTCTAAATGTCTTGATGCTTAAAATCTTGgtttgtatcttcattttcatgctcagtttagttgctacttgttcttttctaatggtcatacttggagcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TCAGCT