Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCTATGCAGgtgaattcatcattttttttggtgtgtgtaagaattgttttgaaagagtaacctgatgttgggtttactttaatttcattgtttgttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g35400.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g35400.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G104847_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GGTGGTCACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCTATGCAGgtgaattcat--cattttttttggtgtgtgtaagaatt-gttttgaaagagt--aacctgat--gttgggtttactttaatttc-attgtttgttcag--
|| | ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||  | ||  || |||   |   || |||     ||  |||||| | | |  || || |    |    |  ||| |  |||  | |||    | |   
GGAGCTCACTGTGGCATATATGGATCCAACTGCCCGGAATGGGTTATGGCCATGCAGgtgaccttatttcactttaggtctcgtttgtttcctttcattttgagaaattggaatctcactaatgaaatagactattctttagaatgtgacattacat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58663911|gb|CK052597.1|CK052597
EST:     ACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCTATGCAG                         GCTTGCAACAGCCAAGGAATATGCTATGTTCCACTGTATGACACCCTTG
genomic: ACTGTGGCATATATGGATCAAACTGTCCAGAATGGGTTATGGCTATGCAGgtgaattcat ... gtttgttcagGCTTGCAACAGCCAAGGAATATGCTATGTTCCACTGTATGACACCCTTG