Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTAAACATTGGCAAGAAATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgtttagactatttttgttgtctcaataacatattattttttagtcacctgtagaatagatcaaatacgtccatagctcattctatttggatggtgcttcaacttcaatgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g32970.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|3767396|gb|AU031506.1|AU031506
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|5667210|gb|AU077496.1|AU077496
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTANAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|88418154|gb|CI501679.1|CI501679
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTGTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|88287006|gb|CI500066.1|CI500066
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGTTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|86522564|gb|CI162770.1|CI162770
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|88565841|gb|CI496558.1|CI496558
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGTTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|88460719|gb|CI534591.1|CI534591
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|88284371|gb|CI405817.1|CI405817
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|88200110|gb|CI199960.1|CI199960
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|88509260|gb|CI436766.1|CI436766
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATCACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|8860119|gb|AU097437.1|AU097437
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|89165097|gb|CI255154.1|CI255154
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|88286887|gb|CI520197.1|CI520197
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|86525895|gb|CI166101.1|CI166101
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|88435008|gb|CI504350.1|CI504350
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGTTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGGTGGACGGTACAACGTGTA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGA-GGTGGACGGTACAACGTGTA
EST: gi|86597282|gb|CI280419.1|CI280419
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|218493197|gb|FG958056.1|FG958056
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCNAGAGGGAGAAACCA-GCAGAGGTGGACGGTACAACGCTGTA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACG-TGTA
EST: gi|88568661|gb|CI499378.1|CI499378
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGNTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|89161806|gb|CI102154.1|CI102154
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|218485786|gb|FG945172.1|FG945172
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATTAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|88281177|gb|CI402375.1|CI402375
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|88842763|gb|CI371663.1|CI371663
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|86501861|gb|CI144494.1|CI144494
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|86522556|gb|CI162762.1|CI162762
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|27576343|gb|CA999037.1|CA999037
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|88284235|gb|CI405681.1|CI405681
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|88476901|gb|CI414172.1|CI414172
EST:     AGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTTTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|29665281|gb|CB661556.1|CB661556
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|58681185|gb|CK069872.1|CK069872
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|218483813|gb|FG965939.1|FG965939
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|88471338|gb|CI408609.1|CI408609
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|33796941|gb|CF324334.1|CF324334
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|88434999|gb|CI504341.1|CI504341
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTGTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGNTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|88373901|gb|CI508520.1|CI508520
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|88514247|gb|CI441753.1|CI441753
EST:     ACTACAATGATAAGATGGTTTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: ACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|86507489|gb|CI150122.1|CI150122
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
EST: gi|88263461|gb|CI367235.1|CI367235
EST:     AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCAT                         GATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA
genomic: AATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 66 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 45

GTAAACATTGGCAAGAAATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgttt ... ttcaatgcagGATGACGCCAAGAGGGAGAAACCAAGCAGAGGTGGACGGTACAACGTGTAAGTCACCGCAAAACGTTGCAGCTTGGATAGTGGCCATCGAGTGGTGTGCC




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTAAACATTGGCAAGAAATGGAAGGAGATTGTTGACTACAATGATAAGATGGTCTACAGCTTCCATgtatgtgtttagactatttttgttgtctcaataacatattattttttagtcacctgtagaatagatcaaatacgtccatagctcattctatttggatggtgcttcaacttcaatgcag

- - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - -  AAGGAG
- - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - -  GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG