Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTGCTCCTAAAGGAAGCTGGGCTAAAACCTGATTGTAAACTTTACACAACACTTATATCGACTTGTGCCAAGTGTGGAAAAGTTGATGCTATGTTTGAGgtaactaaatgacatattcatacatatatgtttgacttaaaaatatgatagctttatatctattgtgtacttatatttaag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g10170.4
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os10g10170.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT4G34830.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
GGTGCTCCTAAAGGAAGCTGGGCTAAAACCTGATTGTAAACTTTACACAACACTTATATCGACTTGTGCCAAGTGTGGAAAAGTTGATGCTATGTTTGAGgtaactaaatga-catat-tcatacatatatgtttgacttaaaaatatgatag-------ctttatatctattgtgtacttat-atttaag---------
    ||  || | ||    ||  | |   ||||||| ||||||||||||||  | ||||| | |||||| ||  |||||||||||||||| ||||| ||||||   |||    | | |  |  | |  ||| || |||  | | | ||  | |       ||||  |||| |     | | || ||  | |         
ACGTCTGGTACAAGAGAGCGGTATGACTGCTGATTGCAAACTTTACACAACTTTAATATCAAGTTGTGCTAAAAGTGGAAAAGTTGATGCAATGTTCGAGgtatagaaaccttcctgtgccggaaagttattttggacaaagatacatatttggctggttctttgaatctctgtcaaaatcatgatgcatgatagatttc

upper sequence: LOC_Os10g10170.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv03s0038g01320.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
GGTGCTCCTAAAGGAAGCTGGGCTAAAACCTGATTGTAAACTTTACACAACACTTATATCGACTTGTGCCAAGTGTGGAAAAGTTGATGCTATGTTTGAGgtaactaaatgacatattca--tacatatatgtttgact--taaaaatatgatagctttatatctattgtgtacttat--atttaag-------------
    ||  ||  ||| || || || ||| ||||||| |||||||| || ||  | ||||| |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||| |||  |  ||  | |   ||  |   ||||  || ||    |   |||||    | ||| |  ||    | | || |    ||| |              
ACAACTTGTACGGGAGGCCGGACTGAAAGCTGATTGCAAACTTTATACTACTTTGATATCAACTTGTGCTAAAAGTGGAAAAGTTGATGCAATGTTTGAAgtatgtttatttccttgccagtttgttatagtttagatcactgtcaatatttgtggtttttgactgagatttcctcactagttttactactttttttttt
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29678933|gb|CB675208.1|CB675208
EST:     CACTTATATCGACTTGTGCCAAGTGTGGAAAAGTTGATGCTATGTTTGAG                         GTCTTCCATGAGATGGTCAGTGCTGGAATAGAGCCAAATGTTAACACATAT
genomic: CACTTATATCGACTTGTGCCAAGTGTGGAAAAGTTGATGCTATGTTTGAGgtaactaaat ... tatatttaagGTCTTCCATGAGATGGTCAGTGCTGGAATAGAGCCAAATGTTAACACATAT
EST: gi|29671044|gb|CB667319.1|CB667319
EST:     CACTTATATCGACTTGTGCCAAGTGTGGAAAAGTTGATGCTATGTTTGAG                         GTCTTCCATGAGATGGTCAGTGCTGGAATAGAGCCAAATGTTAACACATAT
genomic: CACTTATATCGACTTGTGCCAAGTGTGGAAAAGTTGATGCTATGTTTGAGgtaactaaat ... tatatttaagGTCTTCCATGAGATGGTCAGTGCTGGAATAGAGCCAAATGTTAACACATAT
EST: gi|29614515|gb|CB619528.1|CB619528
EST:     CACTTATATCGACTTGTGCCAAGTGTGGAAAAGTTGATGCTATGTTTGAG                         GTCTTCCATGAGATGGTCAGTGCTGGAATAGAGCCAAATGTTAACACATAT
genomic: CACTTATATCGACTTGTGCCAAGTGTGGAAAAGTTGATGCTATGTTTGAGgtaactaaat ... tatatttaagGTCTTCCATGAGATGGTCAGTGCTGGAATAGAGCCAAATGTTAACACATAT