Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGAGCTGCTTGAAGAGCGGATGTCCCGTATTAAAGAAGATCCCTCTTTGAAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttgtatgctagtatttagatataactgtggcttttaaatttgctgagatggtttgcctcacttatttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g33810.4
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g33810.5 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM5G800734_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
AGGAGCTGCTTGAAGAGCGGATGTCCCGTATTAAAGAAGATCCCTCTTTGAAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttgtatgctagtatttagatataactgt------ggctt------ttaaatttgctgagatggtttgcctcacttatttcag
|||||| |||||| ||| ||||| ||||||| || |||||||| || ||||||   ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| | ||  | | ||  ||| ||| |      |   |      || || ||| ||| ||  |||   | ||| | || ||
AGGAGCAGCTTGAGGAGAGGATGGCCCGTATCAAGGAAGATCCATCCTTGAAGCCAATTCTTGATGAGATAGAGAATGGGGGTCCATCTGCAATGGTGAAgtaagtgttgt-tactgttgtctac-tattactatccacgagatctggtagctttaaattgttgatataattttattgactaaatttag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88729169|gb|CI752679.1|CI752679
EST:     AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGGACC-TGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCCTATGTCA
genomic: AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATG-ACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGC-TATGTCA
EST: gi|29662509|gb|CB658784.1|CB658784
EST:     AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCANGCTATGTCAAT
genomic: AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|4878193|gb|AU062492.1|AU062492
EST:     AGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATTGACCCTGAAGTTCTNCAAAAGATTTGGTCAGGCTTATGTC
genomic: AGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCC-ATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAAT-GACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATT-GGTCAGGCT-ATGTC
EST: gi|29670241|gb|CB666516.1|CB666516
EST:     AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAGAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|29613548|gb|CB618561.1|CB618561
EST:     AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGCCAGGCTATGTCAAT
genomic: AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|29658731|gb|CB655006.1|CB655006
EST:     AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAAGCTATGTCAAT
genomic: AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|88745763|gb|CI769123.1|CI769123
EST:     AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|29617932|gb|CB622944.1|CB622944
EST:     AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|117234746|gb|CT847861.1|CT847861
EST:     AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|218481521|gb|FG960926.1|FG960926
EST:     AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGCATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|29678143|gb|CB674418.1|CB674418
EST:     AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|13896875|gb|AU183211.1|AU183211
EST:     AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGGAGCTGCTTGAAGAGCGGATGTCCCGTATTAAAGAAGATCCCTCTTTGAAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttgtatgctagtatttagatataactgtggcttttaaatttgctgagatggtttgcctcacttatttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG