Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCCTGCCATGGCACAACTGCTCTCCAACACTCTGTACTACAAGCGATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAAGgtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtttgttgaagcatatatatttctctaatagctaataaacacatatcttattttcacagggaaag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g32800.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g32800.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G074386_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
-----CCCTGCCATGGCACAACTGCTCTCCAACACTCTGTACTACAAGCGATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAAGgtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtttgttgaagcatatatatttctctaatagctaataaacacatatcttattttcacagggaaag
     ||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||| || || ||||| ||               ||||  ||  | || ||  ||||||  |||      |     |||||| |      |    | ||                                  
AGCTGCCCTGCCATGGCACAGCTCCTCTCCAATACCCTGTACTACAAGCGCTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtt--------------tgttgctttactttctcacatttattgtttgaacactcaagtaagcatgttgtgcacctgcacag----------------------------------

upper sequence: LOC_Os09g32800.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM5G817037_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
-----CCCTGCCATGGCACAACTGCTCTCCAACACTCTGTACTACAAGCGATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAAGgtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtttgttgaagcatatatatttctctaatagctaataaacacatatcttattttcacagggaaag
     ||| ||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||| || || ||||||              || ||||  ||    || ||| |||| |  |||      |     |||||| |    | ||   | ||                                  
AGCTGCCCCGCCATGGCACAGCTCCTCTCCAATACCCTGTACTACAAGCGATTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaag--------------ttttgttgctttagtttctcccatttcttgtttgaacactcaaataagcatgttctgtacttgcacag----------------------------------

upper sequence: LOC_Os09g32800.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G074386_T06 (Zea mays), 5'ss of exon 4
-----------------------CCCTGCCATGGCACAACTGCTCTCCAACACTCTGTACTACAAGCGATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAAGgtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtttgttgaagcatatatatttctctaatagctaataaacacatatcttattttcacagggaaag
                       ||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||| || || ||||| ||               ||||  ||  | || ||  ||||||  |||      |     |||||| |      |    | ||                                  
CAGCATAACAAAAGGATGAGCTGCCCTGCCATGGCACAGCTCCTCTCCAATACCCTGTACTACAAGCGCTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGgtgggcttgacagcgagggtaaagtt--------------tgttgctttactttctcacatttattgtttgaacactcaagtaagcatgttgtgcacctgcacag----------------------------------

upper sequence: LOC_Os09g32800.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA08G39420.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
-----CCCTGCCATGGCACAACTGCTCTCCAACACTCTGTACTACAAGCGATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAAGgtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtttgttgaagcatatatatttctctaatagctaataaacacatatcttattttcacagggaaag
     |||||| ||||| ||  ||||||| |||||||| || ||||| || ||||| || |||||||||||||||||  | ||||| ||||| | |||||||  | | |    |||||     | ||| | | ||| | ||       |||| | | |||| | |    ||  |    ||  |||||                                  
AGTTGCCCTGCGATGGCTCAGTTGCTCTCAAACACTCTTTATTACAAACGGTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctac----tttta-----gctttctatgcttgttcatgcctcattttgtatttttgctaattgctacttcaaccttgaatag----------------------------------

upper sequence: LOC_Os09g32800.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv15s0048g00900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
-----CCCTGCCATGGCACAACTGCTCTCCAACACTCTGTACTACAAGCGATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAAGgtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtttgttgaagcatatatatttctctaatagctaataaacacatatcttattttcacagggaaag
     |||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| || || |||||||| |||||| |||| || ||  | ||||| ||||||| ||||||||| |||         ||  |   || |  | |    |   | || |  || ||| | | || ||| | |||   | || || |   | ||| ||                         
AGTTGCCCTGCAATGGCTCAACTGCTCTCCAACACCCTCTACTATAAACGTTTCTTCCCTTATTATTCTTTTAACGTTTTAGGTGGCCTTGATAATGAAGgtaatgtg---------atacaaacttctgatgc----cagctataagccttctgtctgtatt-aagaaaataatatcctttatt--ttcatatacttcag--------------------

upper sequence: LOC_Os09g32800.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: PP1S197_22V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 5
-----CCCTGCCATGGCACAACTGCTCTCCAACACTCTGTACTACAAGCGATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAAGgtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtt-tgttgaagcatatatatttctctaatagctaataaacacatatcttattttcacagggaaag
      || || |||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||| || ||||| || || || || ||||||||  | || | ||||||||    | |||| | |  |  |    |   |     |   | |  | |  | ||| ||   |||     ||    ||  || | |   || ||   | ||                     
AGCTGTCCAGCTATGGCACAACTGCTTTCAAATACACTTTACTACAAGCGATTCTTTCCCTATTACGCATTTAACGTGCTTGGTGGCTTGGACAATGAAGgta---cgtagatctgt-ctcgtcaaatacatttacgtggtactagtatcgtctgtattacattgtttggtaggctttgatcgacttcatattaggaatatcgg------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33804936|gb|CF328345.1|CF328345
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAA-Ggtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|58599894|gb|CK010422.1|CK010422
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAA-Ggtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|218499612|gb|FG949767.1|FG949767
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAA-Ggtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|88250654|gb|CI348884.1|CI348884
EST:     TGGTGGGCTTGATAGTGAAGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTACA
genomic: TGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTACA
EST: gi|86593168|gb|CI255630.1|CI255630
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|33818104|gb|CF334878.1|CF334878
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAA-Ggtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|33806416|gb|CF329086.1|CF329086
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|38472549|gb|CF956681.1|CF956681
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATAATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAA-Ggtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|33678412|gb|CF306651.1|CF306651
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAA-Ggtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|33660627|gb|CF291594.1|CF291594
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAA-Ggtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|88956647|gb|CI092839.1|CI092839
EST:     GTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: GTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|58608080|gb|CK036113.1|CK036113
EST:     GATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: GATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|33683337|gb|CF311576.1|CF311576
EST:     CATATTATGCTTTCAATGGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG
genomic: CATATTATGCTTTCAATG-TACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAA-G
EST: gi|38477362|gb|CF961495.1|CF961495
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAACG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAA-Ggtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGAC
EST: gi|88836780|gb|CI014781.1|CI014781
EST:     TTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: TTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|58694905|gb|CK083592.1|CK083592
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAA-Ggtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|55439808|gb|CV733214.1|CV733214
EST:     CCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG
genomic: CCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAA-G
EST: gi|3763562|gb|AU030314.1|AU030314
EST:     CTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|33681495|gb|CF309734.1|CF309734
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAA-Ggtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|33683521|gb|CF311760.1|CF311760
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAA-Ggtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|33818729|gb|CF335188.1|CF335188
EST:     CTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|66915431|gb|CX102279.1|CX102279
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAA-Ggtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|33683336|gb|CF311575.1|CF311575
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|33660628|gb|CF291595.1|CF291595
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|86592540|gb|CI253221.1|CI253221
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|86258837|gb|CI000066.1|CI000066
EST:     CAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|89187440|gb|CI264259.1|CI264259
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|55413999|gb|CV726375.1|CV726375
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGAT
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAA-Ggtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGAT
EST: gi|33803802|gb|CF327775.1|CF327775
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|88211460|gb|CI211100.1|CI211100
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|218497460|gb|FG955186.1|FG955186
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAA-Ggtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|87023706|gb|CI286457.1|CI286457
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAA-Ggtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|87035386|gb|CI190008.1|CI190008
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|88829933|gb|CI004971.1|CI004971
EST:     TCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: TCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|33823301|gb|CF337451.1|CF337451
EST:     CATATTATGCTTTCAATGTACCTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG
genomic: CATATTATGCTTTCAATGTAC-TTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAA-G
EST: gi|33803800|gb|CF327774.1|CF327774
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAA-Ggtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|86593079|gb|CI255541.1|CI255541
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|396941603|gb|HO188260.1|HO188260
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|86503207|gb|CI145840.1|CI145840
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTAT--GAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|56158103|gb|C73010.2|C73010
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTAT--GAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|89199025|gb|CI253099.1|CI253099
EST:     GATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: GATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|86253685|gb|CI058412.1|CI058412
EST:     CTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|87013582|gb|CI267283.1|CI267283
EST:     GATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: GATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|88839225|gb|CI000697.1|CI000697
EST:     TACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: TACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|87035374|gb|CI189996.1|CI189996
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|33804938|gb|CF328346.1|CF328346
EST:     ATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: ATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGT-AAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|86502309|gb|CI144942.1|CI144942
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|86253702|gb|CI058429.1|CI058429
EST:     CTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|33683522|gb|CF311761.1|CF311761
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAA-GGTAAGgtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTAC
EST: gi|55412184|gb|CV724560.1|CV724560
EST:     CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG                         GATGTGTTTTCACCTATGATGCA
genomic: CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAA-Ggtgcagattt ... acagggaaagGATGTGTTTTCACCTATGATGCA
EST: gi|33818151|gb|CF334904.1|CF334904
EST:     CCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGGAAAG
genomic: CCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAA-G

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCCTGCCATGGCACAACTGCTCTCCAACACTCTGTACTACAAGCGATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGGTAAGgtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtttgttgaagcatatatatttctctaatagctaataaacacatatcttattttcacagggaaag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG