Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGCTGCCCTGCCATGGCACAACTGCTCTCCAACACTCTGTACTACAAGCGATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtttgttgaagcatatatatttctctaatagctaataaacacatatcttattttcacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g32800.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g32800.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G074386_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
AGCTGCCCTGCCATGGCACAACTGCTCTCCAACACTCTGTACTACAAGCGATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtttgttgaagcatatatatttctctaatagctaataaacacatatcttattttcacag
|||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||| || || ||||| ||               ||||  ||  | || ||  ||||||  |||      |     |||||| |      |    | ||                            
AGCTGCCCTGCCATGGCACAGCTCCTCTCCAATACCCTGTACTACAAGCGCTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaaagtt--------------tgttgctttactttctcacatttattgtttgaacactcaagtaagcatgttgtgcacctgcacag----------------------------

upper sequence: LOC_Os09g32800.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM5G817037_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
AGCTGCCCTGCCATGGCACAACTGCTCTCCAACACTCTGTACTACAAGCGATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtttgttgaagcatatatatttctctaatagctaataaacacatatcttattttcacag
|||||||| ||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||| || || ||||||              || ||||  ||    || ||| |||| |  |||      |     |||||| |    | ||   | ||                            
AGCTGCCCCGCCATGGCACAGCTCCTCTCCAATACCCTGTACTACAAGCGATTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGGTGGGCTTGACAGCGAGGgtaag--------------ttttgttgctttagtttctcccatttcttgtttgaacactcaaataagcatgttctgtacttgcacag----------------------------

upper sequence: LOC_Os09g32800.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G074386_T06 (Zea mays), 5'ss of exon 4
------------------AGCTGCCCTGCCATGGCACAACTGCTCTCCAACACTCTGTACTACAAGCGATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtttgttgaagcatatatatttctctaatagctaataaacacatatcttattttcacag
                  |||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||| || || ||||| ||               ||||  ||  | || ||  ||||||  |||      |     |||||| |      |    | ||                            
CAGCATAACAAAAGGATGAGCTGCCCTGCCATGGCACAGCTCCTCTCCAATACCCTGTACTACAAGCGCTTCTTCCCATATTACGCCTTCAATGTGCTCGgtgggcttgacagcgagggtaaagtt--------------tgttgctttactttctcacatttattgtttgaacactcaagtaagcatgttgtgcacctgcacag----------------------------

upper sequence: LOC_Os09g32800.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA08G39420.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
AGCTGCCCTGCCATGGCACAACTGCTCTCCAACACTCTGTACTACAAGCGATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtttgttgaagcatatatatttctctaatagctaataaacacatatcttattttcacag
|| |||||||| ||||| ||  ||||||| |||||||| || ||||| || ||||| || |||||||||||||||||  | ||||| ||||| | |||||||  | | |    |||||     | ||| | | ||| | ||       |||| | | |||| | |    ||  |    ||  |||||                            
AGTTGCCCTGCGATGGCTCAGTTGCTCTCAAACACTCTTTATTACAAACGGTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctac----tttta-----gctttctatgcttgttcatgcctcattttgtatttttgctaattgctacttcaaccttgaatag----------------------------

upper sequence: LOC_Os09g32800.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv15s0048g00900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
AGCTGCCCTGCCATGGCACAACTGCTCTCCAACACTCTGTACTACAAGCGATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtttgttgaagcatatatatttctctaatagctaataaacacatatcttattttcacag
|| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| || || |||||||| |||||| |||| || ||  | ||||| ||||||| ||||||||| |||         ||  |   || |  | |    |   | || |  || ||| | | || ||| | |||   | || || |   | ||| ||                   
AGTTGCCCTGCAATGGCTCAACTGCTCTCCAACACCCTCTACTATAAACGTTTCTTCCCTTATTATTCTTTTAACGTTTTAGGTGGCCTTGATAATGAAGgtaatgtg---------atacaaacttctgatgc----cagctataagccttctgtctgtatt-aagaaaataatatcctttatt--ttcatatacttcag--------------

upper sequence: LOC_Os09g32800.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: PP1S197_22V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 5
AGCTGCCCTGCCATGGCACAACTGCTCTCCAACACTCTGTACTACAAGCGATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtt-tgttgaagcatatatatttctctaatagctaataaacacatatcttattttcacag
||||| || || |||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||| || ||||| || || || || ||||||||  | || | ||||||||    | |||| | |  |  |    |   |     |   | |  | |  | ||| ||   |||     ||    ||  || | |   || ||   | ||               
AGCTGTCCAGCTATGGCACAACTGCTTTCAAATACACTTTACTACAAGCGATTCTTTCCCTATTACGCATTTAACGTGCTTGGTGGCTTGGACAATGAAGgta---cgtagatctgt-ctcgtcaaatacatttacgtggtactagtatcgtctgtattacattgtttggtaggctttgatcgacttcatattaggaatatcgg------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86253702|gb|CI058429.1|CI058429
EST:     CTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: CTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|33681495|gb|CF309734.1|CF309734
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|218497460|gb|FG955186.1|FG955186
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|58599894|gb|CK010422.1|CK010422
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|86592540|gb|CI253221.1|CI253221
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|33683336|gb|CF311575.1|CF311575
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|55439808|gb|CV733214.1|CV733214
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCC
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGG-ATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCC
EST: gi|218499612|gb|FG949767.1|FG949767
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|33683337|gb|CF311576.1|CF311576
EST:     TTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGGATGTGTTTTCACCTATGATGCNAGTTGGGTCCTATGAGAGGAC
genomic: TTCTTCCCATATTATGCTTTCAATG-TACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGG-ATGTGTTTTCACCTATGATGC-AGTTGGGTCCTATGAGAGGAC
EST: gi|15853001|gb|BI805797.1|BI805797
EST:     TCTTCCCATATTATGCTTTTCAATGTTACTT-GTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGAT-CAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: TCTTCCCATATTATGC-TTTCAATG-TACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|33818104|gb|CF334878.1|CF334878
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|33660627|gb|CF291594.1|CF291594
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|88829933|gb|CI004971.1|CI004971
EST:     TCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: TCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|88211460|gb|CI211100.1|CI211100
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|38472549|gb|CF956681.1|CF956681
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATAATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|8856804|gb|AU094122.1|AU094122
EST:     TTCTCCCCATATTATNCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGNAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATNCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACT
genomic: TTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTG-AAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACT
EST: gi|87023706|gb|CI286457.1|CI286457
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|87035374|gb|CI189996.1|CI189996
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|86258837|gb|CI000066.1|CI000066
EST:     CAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: CAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|86593168|gb|CI255630.1|CI255630
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|86593079|gb|CI255541.1|CI255541
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|88956647|gb|CI092839.1|CI092839
EST:     GTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: GTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|33683521|gb|CF311760.1|CF311760
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|86503207|gb|CI145840.1|CI145840
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAG-G-ACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|33804936|gb|CF328345.1|CF328345
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GTAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|86502309|gb|CI144942.1|CI144942
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|88839225|gb|CI000697.1|CI000697
EST:     TACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: TACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|87035386|gb|CI190008.1|CI190008
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|86253685|gb|CI058412.1|CI058412
EST:     CTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: CTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|33683522|gb|CF311761.1|CF311761
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|33660628|gb|CF291595.1|CF291595
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|55412184|gb|CV724560.1|CV724560
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCA
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCA
EST: gi|396941603|gb|HO188260.1|HO188260
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|33803802|gb|CF327775.1|CF327775
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|88250654|gb|CI348884.1|CI348884
EST:     TGGTGGGCTTGATAGTGAA-                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: TGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|33823301|gb|CF337451.1|CF337451
EST:     TTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACCTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGGATGTGTTTTCACCTATGATGCANGTTGGGTCCTATGAGAGGAC
genomic: TTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTAC-TTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGG-ATGTGTTTTCACCTATGATGCA-GTTGGGTCCTATGAGAGGAC
EST: gi|33818729|gb|CF335188.1|CF335188
EST:     CTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: CTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|58593878|gb|CF992186.1|CF992186
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTT
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTT
EST: gi|33818151|gb|CF334904.1|CF334904
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGGATGTGTTTTCACCTATGATGCNAGTTGGGTCCTATGAGAGGAC
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGG-ATGTGTTTTCACCTATGATGC-AGTTGGGTCCTATGAGAGGAC
EST: gi|66915431|gb|CX102279.1|CX102279
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|33803800|gb|CF327774.1|CF327774
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|58694905|gb|CK083592.1|CK083592
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|38477362|gb|CF961495.1|CF961495
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAACGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGAC
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGAC
EST: gi|56158103|gb|C73010.2|C73010
EST:     TTCTTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGG-TTGATAGTGAAG                         GGGAAAGGATGTGNTTTTCA
genomic: TTCTT-CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGG-AAAGGATGTG-TTTTCA
EST: gi|55413999|gb|CV726375.1|CV726375
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGAT
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGAT
EST: gi|33806416|gb|CF329086.1|CF329086
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|3763562|gb|AU030314.1|AU030314
EST:     CTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: CTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|88836780|gb|CI014781.1|CI014781
EST:     TTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: TTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|33804938|gb|CF328346.1|CF328346
EST:     ATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GTAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|89187440|gb|CI264259.1|CI264259
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: gi|33678412|gb|CF306651.1|CF306651
EST:     ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG                         GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 74 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 80

AGCTGCCCTGCCATGGCACAACTGCTCTCCAACACTCTGTACTACAAGCGATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTACAGTGCACAGGGAACAGGATCTGCTTTGATCATGCCAGTGCTGGA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGCTGCCCTGCCATGGCACAACTGCTCTCCAACACTCTGTACTACAAGCGATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtttgttgaagcatatatatttctctaatagctaataaacacatatcttattttcacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG