Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGTTACTACTGTAACCGTTGATGAGCTAACACCAGGATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAGgtaatttgctcatgcaccacattactgcttattttcaatgaaaccttcttggttggttgtcctcactctccctctttttggtttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g19734.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33680951|gb|CF309190.1|CF309190
EST:     GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAG                         TTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT
genomic: GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAGgtaatttgct ... ttggtttcagTTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT
EST: gi|56157245|gb|D23596.2|D23596
EST:     GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAG                         TTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT
genomic: GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAGgtaatttgct ... ttggtttcagTTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT
EST: gi|29634623|gb|CB639632.1|CB639632
EST:     GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAG                         TTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT
genomic: GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAGgtaatttgct ... ttggtttcagTTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT
EST: gi|84117435|gb|CD151202.1|CD151202
EST:     GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAG                         TTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT
genomic: GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAGgtaatttgct ... ttggtttcagTTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT
EST: gi|33827852|gb|CF339741.1|CF339741
EST:     GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAG                         TTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT
genomic: GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAGgtaatttgct ... ttggtttcagTTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT
EST: gi|29634604|gb|CB639613.1|CB639613
EST:     GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAG                         TTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT
genomic: GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAGgtaatttgct ... ttggtttcagTTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT
EST: gi|58587649|gb|CF985957.1|CF985957
EST:     GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAG                         TTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT
genomic: GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAGgtaatttgct ... ttggtttcagTTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT
EST: gi|33802112|gb|CF326928.1|CF326928
EST:     GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAG                         TTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT
genomic: GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAGgtaatttgct ... ttggtttcagTTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT
EST: gi|163920092|gb|EG709862.1|EG709862
EST:     GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAG                         TTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT
genomic: GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAGgtaatttgct ... ttggtttcagTTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT
EST: gi|33827932|gb|CF339781.1|CF339781
EST:     GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAG                         TTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT
genomic: GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAGgtaatttgct ... ttggtttcagTTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT
EST: gi|33794658|gb|CF323216.1|CF323216
EST:     GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAG                         TTTGAGCTTCAATACTCGCATGATNTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGG
genomic: GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAGgtaatttgct ... ttggtttcagTTTGAGCTTCAATACTCGCATGAT-TATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGG
EST: gi|33825589|gb|CF338605.1|CF338605
EST:     GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAG                         TTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT
genomic: GATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAGgtaatttgct ... ttggtttcagTTTGAGCTTCAATACTCGCATGATTATGCTGGTGTTAGTGCAAGTATTGGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTGTTACTACTGTAACCGTTGATGAGCTAACACCAGGATTGAAGTCCATCTTGAGCTTTGCTGTTCCGGATCAAAGATCTGGAAAGgtaatttgctcatgcaccacattactgcttattttcaatgaaaccttcttggttggttgtcctcactctccctctttttggtttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT