Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGATGGAACGTCATGAGTTGCCTCAGACTAATCAACCACGAAAGTACAGAGCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctctccacttcatctaaaagcacagtgcatgtgcatagttaatactcgttcacatctcacttttgtagtaacaaaagcatagcgtcgacatatg...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g43320.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g43320.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G157384_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GGATGGAACGTCATGAGTTGCCTCAGACTAATCAACCACGAAAGTACAGAGCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctctccacttcatctaaaagcacagtgcatgtgcatagttaatact-cgttcacatctcacttttgtagtaacaaaagcatagcgtcgacatatg-
||||||||||    ||| | |||||||||| |||||| | |||||||| | | ||||||||||| ||||||| || ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||   |    |    | | |  |    | |   | |  | |  || |  ||    ||   |   || ||| | | ||   |  || | |    | 
GGATGGAACGCAGCGAGCTACCTCAGACTAGTCAACCTCCAAAGTACAAATCGTACCAGTATGTCTTGTGGGTTGCTGCACTCCTCTTGCTGGTAGTTGGgtaagtttca--atcataaaggacaactaaactaaagcttacatctcactctgcagtctgtactaggtaacgtggtatccacagaccatagtagcctcgagc
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86504566|gb|CI147199.1|CI147199
EST:     GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
genomic: GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
EST: gi|38479487|gb|CF963598.1|CF963598
EST:     GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
genomic: GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
EST: gi|88284617|gb|CI406063.1|CI406063
EST:     GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
genomic: GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
EST: gi|88552042|gb|CI482153.1|CI482153
EST:     GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
genomic: GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
EST: gi|88472477|gb|CI409748.1|CI409748
EST:     GCATACCAGTATGTTTTNTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
genomic: GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
EST: gi|88514096|gb|CI441602.1|CI441602
EST:     GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCNCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATG
genomic: GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGC-CCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATG
EST: gi|88546446|gb|CI476084.1|CI476084
EST:     ATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
genomic: ATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
EST: gi|88507185|gb|CI434691.1|CI434691
EST:     GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
genomic: GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
EST: gi|86601819|gb|CI258495.1|CI258495
EST:     GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCCNCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATG
genomic: GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGCC-CTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATG
EST: gi|89197879|gb|CI013869.1|CI013869
EST:     GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
genomic: GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
EST: gi|29655822|gb|CB652097.1|CB652097
EST:     GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
genomic: GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
EST: gi|86256369|gb|CI012659.1|CI012659
EST:     GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
genomic: GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
EST: gi|88836784|gb|CI014785.1|CI014785
EST:     GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
genomic: GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
EST: gi|89170667|gb|CI039944.1|CI039944
EST:     GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
genomic: GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
EST: gi|88850765|gb|CI011349.1|CI011349
EST:     GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
genomic: GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
EST: gi|88536320|gb|CI466065.1|CI466065
EST:     GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
genomic: GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
EST: gi|86413868|gb|CI068075.1|CI068075
EST:     GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
genomic: GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
EST: gi|88508123|gb|CI435629.1|CI435629
EST:     GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
genomic: GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
EST: gi|86259184|gb|CI010485.1|CI010485
EST:     GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
genomic: GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
EST: gi|58586839|gb|CF985147.1|CF985147
EST:     GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
genomic: GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
EST: gi|88515123|gb|CI442777.1|CI442777
EST:     GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
genomic: GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
EST: gi|88975237|gb|CI023488.1|CI023488
EST:     GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGG                         GTTTGTGATTGCCTTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG
genomic: GCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctct ... actgatgcagGTTTGTGATTGCCCTGGTGATGCTTTTCAAGGGGAAGAATGGAAACGATGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGATGGAACGTCATGAGTTGCCTCAGACTAATCAACCACGAAAGTACAGAGCATACCAGTATGTTTTGTGGGCTGTTGCACTCTTCTTGCTGCTAGTTGGgtaagtctctccacttcatctaaaagcacagtgcatgtgcatagttaatactcgttcacatctcacttttgtagtaacaaaagcatagcgtcgacatatg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctctccac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacaaaa