Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGATAGCTATGCATCCTATATTGGGCACTATCCAATGCTGGCATATTTTTCCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaaagcttattataacatgtcttctgtacggtagttgaaaattatgttggacttatctggtttattaatattgatgtagaactgctcctaaaa...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g34480.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g34480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G106574_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GGATAGCTATGCATCCTATATTGGGCACTATCCAATGCTGGCATATTTTTCCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa-agcttattataacatgtcttctgtacggtagttgaaaattatgttggacttatctggtttattaatattgatgtagaactgc-tcctaaaa-
 || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||  | | | | |||      || |||  |       |||| | ||| ||||   | ||   |||||   || | |||||  ||| |  |   || ||||| 
AGACAGCTATGCCTCTTATATTGGGCACTATCCAATGCTAGCATATTTTGCCATTGCTGAGAATGAATCGATCGGAAGAGAACGTTACAATTTCATGCAGgtacataagacaacttgcctctac-tgttcttcaagttgtagctcaaatttata--gaacaattctggagcataattattgtagtaaagttatgtcttaaaaa

upper sequence: LOC_Os08g34480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G121942_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GGATAGCTATGCATCCTATATTGGGCACTATCCAATGCTGGCATATTTTTCCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatg--ttaaaagcttattataacatgtcttctgtacggtagttgaaaattatgt-tggacttatc-tggtttattaatattgatgtagaactgctcctaaaa
 || || ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||    |  |  ||| || |||  | |       | | |    |||| |   |     |  |||| ||||| |  || |   |  ||||  |     |    
AGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCACTATCCAATGCTAGCATATTTTGCCATTGCTGAGAACGAATCGATCGGAAGAGAACGTTACAATTTCATGCAGgtattgcctccactcttcttctaagttatagctcaaatgtttagagaaattctagcgcataaatatcatggttaaaaaaaacctaattagacttatgttt----

upper sequence: LOC_Os08g34480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G121942_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GGATAGCTATGCATCCTATATTGGGCACTATCCAATGCTGGCATATTTTTCCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatg--ttaaaagcttattataacatgtcttctgtacggtagttgaaaattatgt-tggacttatc-tggtttattaatattgatgtagaactgctcctaaaa---------------------------------------
 || || ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||    |  |  ||| || |||  | |       | | |    |||| |   |     |  |||| ||||| |  || |   |  ||||  |     ||                                          
AGACAGTTATGCCTCTTATATTGGGCACTATCCAATGCTAGCATATTTTGCCATTGCTGAGAACGAATCGATCGGAAGAGAACGTTACAATTTCATGCAGgtattgcctccactcttcttctaagttatagctcaaatgtttagagaaattctagcgcataaatatcatggttaaaaaaaacctaattagacttatgtttactcacgattgaacctgaaatggacccctagtgtcttgtttag

upper sequence: LOC_Os08g34480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA18G17590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
-GGATAGCTATGCATCCTATATTGGGCACTATCCAATGCTGGCATATTTTTCCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaaagcttattataacatgtcttctgtacggtagttgaaaattatgt-tggactt--atctggtttattaatattgatgtagaac-tgctcctaaaa-----
  |||||||||||||| |||||||||||||| ||  | |||| ||  ||| | |||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||  |||||||||||   ||         || |  | |  ||| |||  | || |||| |  | ||| |  ||||  || ||  || ||   |||    |||  | ||||| |  |      
GTGATAGCTATGCATCATATATTGGGCACTACCCTTTACTGGGATTCTTTGCTATTGCTGAAAATGAATCTATTGGAAGAGAACGCTACAGCTTTATGCAggttcattt--------tttttccctcccttttgt--gataattgatagatgtgtatatactttgatgtgtgttgtttccatttggctagttcatgctcttctaccttcg

upper sequence: LOC_Os08g34480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA08G40200.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
GGATAGCTATGCATCCTATATTGGGCACTATCCAATGCTGGCATATTTTTCCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaaagcttattataacatgtcttctgtacggtagttgaaaattatgttggactt-atctggtttattaatattgatgtag--aactg-ctcctaaaa---
 |||||||||||||| |||||||| ||||| ||  | |||| ||  ||| | |||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||  |||||||||||   ||      || || |    |  ||  |||     | |||| |  | ||      || || ||   | ||   ||     |||  || || || ||| |    
AGATAGCTATGCATCATATATTGGACACTACCCTTTACTGGGATTCTTTGCTATTGCTGAAAATGAATCTATTGGAAGAGAACGCTACAGCTTTATGCAGgttcatt------tttttttcttcttcctcttgtg-ataaattgatagatgtgcatactttgatgtgtgctgtttccatctggctagttaattgtcttctacatttg

upper sequence: LOC_Os08g34480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT4G14342.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
GGATAGCTATGCATCCTATATTGGGCACTATCCAATGCTGGCATATTTTTCCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatg-----ttaaaagcttattataacatgtcttctgta-cggtagttgaaaattatgttggacttatctggtttattaatattgatgtagaactgctcctaaaa
 ||||| ||||| || || ||||| ||||| || |||||  |||| ||| | ||||||||||| || || |||||| |||| || |||||||| |||||||| ||     ||  | |  | ||  |   |   |||| ||  |  |  |  | |   |    || ||   |  |   |  || || || |      |  | |    
TGATAGTTATGCTTCATACATTGGTCACTACCCTATGCTTTCATACTTTGCTATTGCTGAGAACGAGTCTATTGGACGAGAACGCTACAATTTCATGCAGgtttgcctcctttcatgtcttttgcatattactttctctagtgacaaatctaca--gttcaagatttggattatgattctatgtttatttgattaggtgcgt----

upper sequence: LOC_Os08g34480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv05s0049g01230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
GGATAGCTATGCATCCTATATTGGGCACTATCCAATGCTGGCATATTTTTCCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaaagcttattataacatgtcttctgtacggtagttgaaaattatgttggacttatctggtttattaata----ttgatgtagaactgctcctaaaa
 |||||||||||||| ||| |||| ||||| ||  | ||||| |||||| | |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |  | |  |||||||  |  | |  || |   |  || |||||| |  |  | | | |   || |  ||      || | |||  |       ||   
TGATAGCTATGCATCATATGTTGGCCACTACCCCTTACTGGCGTATTTTGCTATTGCTGAAAACGAATCAATTGGAAGAGAGCGCTACAATTTTATGCAGgtttgctctatg--tattatagtagttgtattgcagttttctttaaaattgttgtttaatgaacaaattgagaaaaggaatttaaggtatgatcatatttac--

upper sequence: LOC_Os08g34480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: PP1S215_103V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
GGATAGCTATGCATCCTATATTGGGCACTATCCAATGCTGGCATATTTTTCCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgtta----aaagcttattataacatgtctt---ctgtacggtagttgaaaatt-atgttggacttatctggtttattaata----ttgatgta----gaactgctcctaaaa-----------------------------------------
||| || ||||| |||||||| |||||    ||| || |||| |  ||| |  ||||||| |||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||||||||     |    || |||   | | ||||  ||       |  |  |||    ||||      ||    |  ||  || || ||     || || ||     | ||| || |  |                                          
GGACAGTTATGCCTCCTATATCGGGCATGCACCACTGTTGGCCTTCTTTGCAGTTGCTGAAAATGAATCCATTGGACGAGTGCGCTACAATTTTATGCAGgtgaacaatcttaatgctgtatgttacattgctagagtcatttgtaagtcctgaatttgaacagggtccacttgcgtttttgatggttctttatatactccaagctgttcttggatcatcttgatattcacctcatctcgttcttgtgtgacttcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88419138|gb|CI511290.1|CI511290
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88568606|gb|CI499323.1|CI499323
EST:     CCATTGCTGAGGATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88478323|gb|CI415594.1|CI415594
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88209922|gb|CI209771.1|CI209771
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88565489|gb|CI496206.1|CI496206
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88480256|gb|CI417527.1|CI417527
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88293248|gb|CI500534.1|CI500534
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88569120|gb|CI499837.1|CI499837
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88534133|gb|CI462829.1|CI462829
EST:     TCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: TCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88484514|gb|CI421785.1|CI421785
EST:     CATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGGTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGC-GTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|86511433|gb|CI154066.1|CI154066
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|86511143|gb|CI153776.1|CI153776
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88293418|gb|CI503001.1|CI503001
EST:     CATTNCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATNCTACTTCCNTNTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88435017|gb|CI504359.1|CI504359
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88538166|gb|CI467173.1|CI467173
EST:     CTGAGAATGGATCCATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88532225|gb|CI461695.1|CI461695
EST:     CGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88293143|gb|CI500429.1|CI500429
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88373712|gb|CI506139.1|CI506139
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATCCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|86855685|gb|CI269012.1|CI269012
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAGTTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88434540|gb|CI501966.1|CI501966
EST:     TTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: TTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88565995|gb|CI496712.1|CI496712
EST:     GAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: GAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88285436|gb|CI507306.1|CI507306
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGTTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88557386|gb|CI487786.1|CI487786
EST:     AAGAGAGCGTTACCATTTTATGCAG                         GAAATGGTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGNT
genomic: AAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|86526146|gb|CI166352.1|CI166352
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|87020191|gb|CI261055.1|CI261055
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88210251|gb|CI210100.1|CI210100
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88553084|gb|CI483157.1|CI483157
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88292691|gb|CI505270.1|CI505270
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGA-GT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88213767|gb|CI213616.1|CI213616
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|186893103|gb|FG124788.1|FG124788
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACTAAAATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88533420|gb|CI460975.1|CI460975
EST:     CTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGGTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|86507382|gb|CI150015.1|CI150015
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88418918|gb|CI508871.1|CI508871
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88955817|gb|CI092106.1|CI092106
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88381961|gb|CI530767.1|CI530767
EST:     CCATTNCTGAGAATGGATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTGTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88548994|gb|CI478838.1|CI478838
EST:     ATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGG                         AAAATGCTACTTCCGTNTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGG
genomic: ATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCA-Ggtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGG
EST: gi|86526156|gb|CI166362.1|CI166362
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88467615|gb|CI507040.1|CI507040
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88564133|gb|CI494850.1|CI494850
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88546404|gb|CI476038.1|CI476038
EST:     TTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: TTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88301671|gb|CI503137.1|CI503137
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88293979|gb|CI510287.1|CI510287
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88566186|gb|CI496903.1|CI496903
EST:     TCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: TCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88567882|gb|CI498599.1|CI498599
EST:     GCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: GCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88435400|gb|CI509071.1|CI509071
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88528162|gb|CI454381.1|CI454381
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88279748|gb|CI400946.1|CI400946
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACCATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88567475|gb|CI498192.1|CI498192
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         GAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTTAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|86598009|gb|CI278399.1|CI278399
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCCATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88563749|gb|CI494466.1|CI494466
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88301750|gb|CI503216.1|CI503216
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88418875|gb|CI508828.1|CI508828
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88277381|gb|CI398183.1|CI398183
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
EST: gi|88240818|gb|CI238669.1|CI238669
EST:     CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAG                         AAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT
genomic: CCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 54 (upstream exon), 23 (downstream exon)
Score: 4

GGATAGCTATGCATCCTATATTGGGCACTATCCAATGCTGGCATATTTTTCCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaa ... ggtgttgcagAAAATGCTACTTCCGTGTGGTCTGCCTCCTGAGAGAGACGAAGATTGAGGTGGCCTTCGGGTCTGGCGTTCAGTGTTACTGCAACTACTGGAACCTAGGG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGATAGCTATGCATCCTATATTGGGCACTATCCAATGCTGGCATATTTTTCCATTGCTGAGAATGAATCAATTGGAAGAGAGCGTTACAATTTTATGCAGgtatgttaaaagcttattataacatgtcttctgtacggtagttgaaaattatgttggacttatctggtttattaatattgatgtagaactgctcctaaaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA