Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAGTAAAAATGTAATGCTTCAGCTCCTCCGTGAACAATTTCCTGGAGCTAATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaagctcgctgtttagtagccttttgttttcttcagtttattactgctgcttttatgattgttagcatttgaccttctctcactgaaatattgtcatggcatatgtaataaattacttttttattacttgtaggtcatgtgctatatttgctgcttaagaatctatttttgttgtctgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g25734.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g25734.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G068506_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
TAGTAAAAATGTAATGCTTCAGCTCCTCCGTGAACAATTTCCTGGAGCTAATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaagctcgct--gtttagtagccttttgttttcttcagtttattactgctgcttttatgatt------gttagcatttgaccttctctcactgaaatattgtcatggcatatgtaataaattacttttttattacttgtaggtcatgtgctatatttgctgcttaagaatctatttttgttgtctgcag
 || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| | ||| |||| ||||||||| |||| |   |     |  ||||  |||||||||||| ||||| |  |||| ||||| | | |      | ||  || | ||||| |  ||| ||                                                                                               
CAGCAAAGATGTAATGCTTCAGCTCCTCCGTGAACAATTTCCTGAAGCCAATGACTTTGGAAGTGAGGTTATTCCAGGTGCAACCAGCATTGGAAAGAGGgtatgcaaagttgttttaaccttttagctgtttgttttcttctgtttactgatgcttctttttttaatagaaaaggtactatataaccttttaacacaga-----------------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: LOC_Os08g25734.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G163437_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
TAGTAAAAATGTAATGCTTCAGCTCCTCCGTGAACAATTTCCTGGAGCTAATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaagctcgct--gtttagtagccttttgttttcttcagtttattactgctgc--ttttatgattgttagcatttgaccttctctcactgaaatattgtcatggcatatgtaataaattacttttttattacttgtaggtcatgtgctatatttgctgcttaagaatctatttttgttgtctgcag
||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| | || |         |  ||||  |||||||||||| ||||| |  || | |  |||| | ||    || || |  || | || |||  |||| |                                                                                          
TAGCAAGGATGTAATGCTTCAGCTCCTCCGTGAACAATTTCCTGGAGCCAATGATTTTGGAAGTGAGGTTATTCCAGGTGCAACAAGCATTGGAAAGAGGgtatgcagagattatataaccttttagctctttgttttcttcggtttactgatgtttcctttttgtaataaaaagtatatagccctttcacac--aaatgtc-----------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: LOC_Os08g25734.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT5G48300.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
TAGTAAAAATGTAATGCTTCAGCTCCTCCGTGAACAATTTCCTGGAGCTAATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaagctcgctgtttagtagccttttgttttcttcagtttattactgctgcttttatgattgttagcatttgaccttctctcactgaaatattgtcatggcatatgtaataaattacttttttattacttgtaggtcatgtgctatatttgctgcttaagaa-tctatttttgttgtctgcag
 || | | ||||||||||  |  | || ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||   | | ||| |||||||  |          ||||||      | ||  | | | ||   | |   |  |  | | ||| |    ||||    |   ||| | |||    ||| ||  | || |  | | | ||   ||| ||   ||  ||    |  | |||   |       | |   || | |  |  ||    ||||||
AAGCAGAGATGTAATGCTAGACTTACTACGGAATCAGTTTCCTGGAGCTAATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCCGGTGCCACTTCCCTTGGACTGAGGgtgag----------tgttta------tattcatgtttacaacatctagtttgtattctgatgctca--agca----agtctctgttactc---tatggt--ttgctttcggattcaacagcttcttg--tagctgattatgctatgcagaaggcaaaacctgctaactttgatcatgggcactgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13420424|gb|AU174514.1|AU174514
EST:     ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG                         GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: gi|87012877|gb|CI297104.1|CI297104
EST:     ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG                         GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: gi|58606969|gb|CK035002.1|CK035002
EST:     ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG                         GTAGAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: gi|33681770|gb|CF310009.1|CF310009
EST:     ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG                         GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: gi|58678083|gb|CK066770.1|CK066770
EST:     ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG                         GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: gi|88586416|gb|CI704115.1|CI704115
EST:     TGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCCAACAAACATCGGAATGAGG                         GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
genomic: TGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGC-AACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: gi|29614233|gb|CB619246.1|CB619246
EST:     ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG                         GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: gi|58652879|gb|CK041559.1|CK041559
EST:     ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG                         GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: gi|58675386|gb|CK064073.1|CK064073
EST:     ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG                         GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: gi|29681248|gb|CB677523.1|CB677523
EST:     ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG                         GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGNGAAGACATTGGTACCA
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCA
EST: gi|88584775|gb|CI702352.1|CI702352
EST:     ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG                         GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGAAATTGGTACCATTGAG
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: gi|86831383|gb|CI299441.1|CI299441
EST:     ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG                         GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: gi|29620180|gb|CB625192.1|CB625192
EST:     ATGAC-TTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG                         GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TAGTAAAAATGTAATGCTTCAGCTCCTCCGTGAACAATTTCCTGGAGCTAATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaagctcgctgtttagtagccttttgttttcttcagtttattactgctgcttttatgattgttagcatttgaccttctctcactgaaatattgtcatggcatatgtaataaattacttttttattacttgtaggtcatgtgctatatttgctgcttaagaatctatttttgttgtctgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG