1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
TAGTAAAAATGTAATGCTTCAGCTCCTCCGTGAACAATTTCCTGGAGCTAATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaagctcgctgtttagtagccttttgttttcttcagtttattactgctgcttttatgattgttagcatttgaccttctctcactgaaatattgtcatggcatatgtaataaattacttttttattacttgtaggtcatgtgctatatttgctgcttaagaatctatttttgttgtctgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os08g25734.2 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAGEST: gi|87012877|gb|CI297104.1|CI297104
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAGEST: gi|58606969|gb|CK035002.1|CK035002
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG GTAGAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAGEST: gi|33681770|gb|CF310009.1|CF310009
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAGEST: gi|58678083|gb|CK066770.1|CK066770
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAGEST: gi|88586416|gb|CI704115.1|CI704115
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: TGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCCAACAAACATCGGAATGAGG GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAGEST: gi|29614233|gb|CB619246.1|CB619246
genomic: TGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGC-AACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAGEST: gi|58652879|gb|CK041559.1|CK041559
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAGEST: gi|58675386|gb|CK064073.1|CK064073
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAGEST: gi|29681248|gb|CB677523.1|CB677523
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGNGAAGACATTGGTACCAEST: gi|88584775|gb|CI702352.1|CI702352
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCA
EST: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGAAATTGGTACCATTGAGEST: gi|86831383|gb|CI299441.1|CI299441
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAGEST: gi|29620180|gb|CB625192.1|CB625192
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
EST: ATGAC-TTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGG GTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
genomic: ATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaag ... ttgtctgcagGTACAAGCTTACTTGTATGATGGTTACTGGGAAGACATTGGTACCATTGAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TAGTAAAAATGTAATGCTTCAGCTCCTCCGTGAACAATTTCCTGGAGCTAATGACTTTGGAAGTGAAGTCATTCCAGGTGCAACAAACATCGGAATGAGGgtatggaaagctcgctgtttagtagccttttgttttcttcagtttattactgctgcttttatgattgttagcatttgaccttctctcactgaaatattgtcatggcatatgtaataaattacttttttattacttgtaggtcatgtgctatatttgctgcttaagaatctatttttgttgtctgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG