Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTATGGGATACAAGAACTCTGACGCTGATCAAGACATATGTCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCATgtatgtgcctatgtcacaatacgtaatattcttctataggtgcaattcttttataatcacgttacatatggtcatgccttaagttacttggttttatgtc...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g21660.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g21660.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G028834_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
CTATGGGATACAAGAACTCTGACGCTGATCAAGACATATGTCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCATgtatgtgcctatgtcacaa---tacgta-atat-tcttctataggtgcaattcttttataatcacgttacatatggtcatgccttaagttacttggttttatgtc
||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||   || |||   ||||||| ||| | ||||||   ||| || | || |||| | ||    | |  || | |    |       || || |      ||  ||| | | |||  ||   
CTATGGGATACAAGAACGCTAACCCTGATCAAGACGTATGTCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACTgtatgttcctct-tcacaaacttacttatacatgtcttttctaatccccaggctgtgaactgccgacctaatttgcttgatagttgggtttcatagttc-at---

upper sequence: LOC_Os08g21660.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G143330_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
CTATGGGATACAAGAACTCTGACGCTGATCAAGACATATGTCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCATgtatgtgcctatgtcacaatacgtaatattcttctataggtgcaattcttttataatcacgttacatatggtcatgccttaagttacttggttttatgtc---
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||   || |||   ||||||| ||| | |||||||      |||  || || | || |  ||   | ||   || | |||  |   | ||   ||       | ||||| ||      
CTATGGGATACAAGAACGCTGACCCTGATCAAGACATATGTCACAGAGAGACCTGTTAATGCTGTTGACATCTCTCCCACTCATGATACTgtatgttcctct-tcacaatcttgtttatatttatacatgttct-tttcctaatgcccaggctactgacc-taatttgtttgacacttgggtttcatagtttg

upper sequence: LOC_Os08g21660.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA01G03610.2 (Glycine max), 5'ss of exon 5
CTATGGGATACAAGAACTCTGACGCTGATCAAGACATATGTCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCATgtatgtgcctatgtcacaatacgtaat-attcttctataggtgcaattcttttataatcacgttacatatggtcatgccttaagttacttggttttatgtc
|| |||||||| |||||  |||| || ||||||||||||||||| || || || || ||||| ||||  || || ||||| ||||| |||||||||  || |||      |  || | |  ||| | | | ||  |||||| |    |  |  | ||  |  |  | | |    ||  || | || | |||
CTTTGGGATACTAGAACATTGACTCTTATCAAGACATATGTCACAGAACGGCCGGTCAATGCAGTTGCAATGTCACCTCTACTTGATCATgtatgtatctgtgtgttgtaaattagttaaccttgtgttg-tgatattcttgtcatttatctatgcaagtaatttttcttctgctttatttgattgaggtc

upper sequence: LOC_Os08g21660.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: PP1S65_136V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
----------CTATGGGATACAAGAACTCTGACGCTGATCAAGACATATGTCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCATgtatg--tg------cctatgtcacaatacgtaatatt-cttc---------tataggtgcaattcttttataatcacgttacatatggtcatgccttaagttacttggttttatgtc------------------------------------------------------------
           | ||||||| | ||||  ||||  || | || || |||  ||| ||||||||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||||| |||||  ||       || | |  |   || | ||||  ||||         ||| |||   | | || | |  |  |||  || |     |  |   |  ||  | |   |||   |                                                            
GTCGGCAAAATTGTGGGATATACGAACCTTGACAGTGTTGAAAACGTATACCACAGAGCGACCTGTTAATGCTGCTGCAATTTCACCTCTTCTTGACCACgtatggctgggttactctctttttcttgacttgatatcgcttccggaacccatattggttggacttttgtttggtttcgtctcaaagaagaaaactacacattcatcgtgattaaccctggctactgccaaggtcaaaatggactgcttaattatatacgcttgtggttttggtacag

upper sequence: LOC_Os08g21660.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: PP1S34_388V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
----------CTATGGGATACAAGAACTCTGACGCTGATCAAGACATATGTCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCATgtatg---tgccta---tgtcacaat--acgtaatattcttctataggtgcaattcttttataatcacgttacatatggtc--atgccttaagttacttggttttatgtc----------------------------------------------------------------------
          || ||||||| | ||||  | ||  || | || || ||    || ||||||||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||||| |||||   || |||   |   || ||  || |  | ||  |||  |     |       || |||   ||  ||||| |    |||     |||         |  | |                                                                       
GTCAGCAAAACTGTGGGATATACGAACCTTAACTGTGCTGAAAACGTACACTACAGAGCGACCTGTTAATGCTGCTGCAATTTCACCTCTTCTTGACCACgtatggcttggctaaccttctactatcgacttggtcttgctcttgaaaatgagagtaactaaaattttgtagcatatagctgaatggaaggagtagacaaaagtcgtattgatataggctgaggaccccgaagtgactgaatgaaaagctcagtcaggaacgatctttgctttgttacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29637698|gb|CB642707.1|CB642707
EST:     TCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
genomic: TCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
EST: gi|86428041|gb|CI073138.1|CI073138
EST:     TCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
genomic: TCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
EST: gi|86539171|gb|CI179377.1|CI179377
EST:     TCCTCTTCTTGACCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
genomic: TCCTCTTCTTGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
EST: gi|427350|gb|D23414.1|D23414
EST:     CTCCTCTTCTTGACCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
genomic: CTCCTCTTCTTGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
EST: gi|88983105|gb|CI020669.1|CI020669
EST:     TCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
genomic: TCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
EST: gi|87015288|gb|CI275478.1|CI275478
EST:     TCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
genomic: TCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
EST: gi|86866716|gb|CI343538.1|CI343538
EST:     ACTGAGCGAACCCTG-TAATGCTGTTAACATTTCTCCTCTTCTTGACCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
genomic: ACTGAGCG-A-CCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
EST: gi|10794823|gb|AU108789.1|AU108789
EST:     CCTCTTCTTGACCAT                         GTGNTTATTGGAGGTGGTCAAGATNCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
genomic: CCTCTTCTTGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
EST: gi|86495775|gb|CI138408.1|CI138408
EST:     TCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
genomic: TCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
EST: gi|218499018|gb|FG959220.1|FG959220
EST:     TCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
genomic: TCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
EST: gi|88222839|gb|CI220690.1|CI220690
EST:     TCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
genomic: TCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
EST: gi|2797339|gb|AA750633.1|AA750633
EST:     TCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
genomic: TCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
EST: gi|33794412|gb|CF323090.1|CF323090
EST:     TCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCAT                         GTGG-TATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
genomic: TCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
EST: gi|86419296|gb|CI054097.1|CI054097
EST:     TCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCAT                         GTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT
genomic: TCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCATgtatgtgcct ... gttgtgttagGTGGTTATTGGAGGTGGTCAAGATGCGATGAATGTGACTATGACAGATCGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTATGGGATACAAGAACTCTGACGCTGATCAAGACATATGTCACTGAGCGACCTGTTAATGCTGTTGACATTTCTCCTCTTCTTGACCATgtatgtgcctatgtcacaatacgtaatattcttctataggtgcaattcttttataatcacgttacatatggtcatgccttaagttacttggttttatgtc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTCCTC